北京丰台区医院有北京天坛医院、中国人民解放军总医院第五医学中心、中国康复研究中心北京博爱医院等多家，其中北京天坛医院是国家神经系统疾病临床医学研究中心，在2021年度复旦版榜上排第26名；中国人民解放军总医院第五医学中心是全军唯一的传染病战略机动卫勤力量，有军队医院支援西部地区医院工作先进单位的荣誉称号；中国康复研究中心北京博爱医院拥有多个优势专业学科，具有特色的康复疗法。
第一名：北京天坛医院
北京天坛医院是一所以神经外科为先导，以神经科学集群为特色，集医、教、研、防为一体的三级甲等综合医院，是亚洲神经外科临床、科研、教学基地。医院是国家神经系统疾病临床医学研究中心、国家神经系统疾病医疗质量控制中心等，拥有国家重点学科3个，国家临床重点专科3个，其中神经外科学、神经病学2017、2018年获得中国医院科技量值排名双第一。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第26。
第二名：中国人民解放军总医院第五医学中心
中国人民解放军总医院第五医学中心是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、信息研究于一体的三级甲等传染病专科医院，是全军唯一的传染病战略机动卫勤力量，担负战时机动卫勤保障、平时防生反恐及突发公共卫生事件应急处置任务，先后荣获全军为部队服务先进单位、军队医院支援西部地区医院工作先进单位等荣誉称号。
第三名：中国康复研究中心北京博爱医院
中国康复研究中心北京博爱医院作为目前国内一家以康复为特色的三级甲等综合医院，设有门急诊、康复临床、综合临床、康复治疗、医技等52个科室，拥有神经康复、脊髓损伤康复、儿童康复、骨与骨关节康复、神经泌尿康复和传统医学康复等多个优势专业学科。综合康复治疗手段包括运动疗法、作业疗法、语言治疗、文体治疗、水疗、物理因子治疗、心理治疗、音乐治疗、社会康复、假肢矫形、中医治疗、教育康复和职业训练等。
第四名：北京中医药大学东方医院
北京中医药大学东方医院有国家卫生健康委临床重点专科6个、国家中医药管理局重点专科项目14个、国家中医区域诊疗中心2个、北京市中医特色诊疗中心9个、北京市中医药管理局重点专科5个。东方医院发挥当代诊疗技术与传统中医理论相结合的优势，在中西医结合治疗心血管疾病、脑血管疾病、消化系统疾病、呼吸系统疾病、肿瘤、妇科疾病、儿科疾病、中医外科疾病等专科疾病方面形成自身鲜明特色。
第五名：中国人民解放军第307医院
中国人民解放军第307医院拥有全军骨髓移植中心、全军肿瘤中心、全军中毒救治中心、全军放射病研究治疗中心、全军采供血中心等五个全军医学专科中心，其中全军骨髓移植中心为亚洲最大的造血干细胞移植中心，居全国领先水平，达到国内领先水平，并跻身于国际先进行列。医院的同位素治疗专科在国内最早开展同位素131I治疗甲状腺疾病，治疗各类型甲状腺疾病例数居全国前列，治愈率、有效率、复发率均达到国内先进水平。
第六名：北京市丰台中西医结合医院
北京市丰台中西医结合医院是一所集医疗、科研、教学、预防保健为一体的现代化三级甲等中西医结合医院，拥有北京市中医管理局重点专科6个，院级重点专科3个。包括北京市“十二五”重点专科：心血管内科、脑病科、骨伤科；北京市国家中医重点专科辐射工程项目首都区域重点专科和首都区域特色重点专科：心血管内科、呼吸与危重症医学科、急诊科、老年病科；院级重点专科：呼吸与危重症医学科、急诊科、康复医学科。
第七名：首都医科大学附属北京佑安医院
首都医科大学附属北京佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心。拥有肝病内外科、肝移植、肿瘤微创治疗、免疫与生物治疗、感染与艾滋病诊治等国内领先学科。医院是国内最早开展人工肝技术的医院，每年救治严重肝衰竭患者500余例，开展肿瘤微创介入手术8000余台。
第八名：北京航天总医院
北京航天总医院是一所集医疗、教学、科研、预防、职业病防治为一体的三级综合医院，医院门诊及专业科室齐全，设有临床、医技专业科室44个。微创技术在普外科、妇产科、泌尿外科、血管外科、神经外科、神经内科等科室得到广泛应用，胸腔镜、腹腔镜、宫腔镜、膀胱镜手术达到国内先进水平。
第九名：北京电力医院
北京电力医院是一所集医疗、教学、科研、预防、健康管理等为一体的三级综合医院。先后引进了心内科、普外科、耳鼻咽喉科（眩晕科学研究院）、妇产科、呼吸科、泌尿外科、脊柱外科、消化内科、胸外科、肾内科等多个专业的专家及团队。普通外科系国家卫健委重点提升专科，心血管内科、口腔科被纳入丰台区临床重点专科，医院已成为国家级胸痛中心、卒中中心、心衰中心、高血压达标中心、癫痫中心。
第十名：北京丰台医院
北京丰台医院目前已成为集医疗、教学、科研、保健于一体的丰台区规模最大、职工人数和床位数量最多的大型综合性医院。医院将重点打造心内科、妇产科、骨外科、普外科、神经内科、呼吸内科、消化内科、重症医学科等重点专科诊疗中心，提升丰台地区急危重症、疑难病诊治能力。