中国医学科学院整形外科医院擅长唇腭裂整形科、尿道下裂整形科、乳房整形科、皮肤科、妇科整形科，作为新中国成立的第一所整形外科专科医院，医院在上述整形美容科室拥有强大的技术力量。
1、唇腭裂整形科
是以唇腭裂治疗为主的专科病区，科室技术力量雄厚。多次获得中华医学科技奖、中整协科技奖、中国医学科学院科技进步奖等科技奖励。在本专业研究领域创新性地开展了多项先进的技术，如唇隐裂的微创修复等，在国内学术界享有极高的声誉，在国际上也有广泛的影响。
2、尿道下裂整形科
科室致力于尿道下裂等泌尿生殖畸形损伤及各类整形外科疑难病症诊治。首创阴囊中隔皮瓣治疗尿道下裂。承担院内住院医师规范化培训及全国各地的整形外科医师进修学习任务，技术力量雄厚、经验丰富。近10年来，获中整协科技进步二等奖2项，中华医学会科技进步三等奖一项，发表较高水平SCI文章20余篇。
3、乳房整形科
是中国医学科学院整形外科医院第一批成立的特色中心。二十年来，中心专注于乳房美整形美容及畸形修复治疗，治疗例数及手术效果均处于国际领先水平。
4、皮肤科
由我国著名皮肤科专家、原北京协和医院皮肤科主任、中国医学科学院皮肤病医院院长王宝玺教授作为学科带头人，引进优秀皮肤科医生组成的美容皮肤科团队，是北京协和医学院皮肤病学专业博士培养点，中国痤疮临床诊疗基地、光动力治疗中心。
5、妇科整形科
为国家的医师培训基地和整形外科的研究中心，在阴道再造和妇科整形美容方面积累了丰富的临床和科研经验。本中心前后推出了腹部皮瓣阴道再造术、腹股沟皮瓣阴道再造术、改良处女膜修复术等常见妇科整形的手术，在国际私密整形美容领域占有一席之地。
