首都医科大学附属北京同仁医院擅长眼科、耳鼻喉科、变态反应科、神经内科、普外科。这5个科室均为国家及地区重点专科，拥有先进的诊疗技术。
1、眼科
是国家卫生计生委临床重点专科、教育部国家重点学科。科室保持传统的医疗优势，不断改进教学工作，稳步提高科研水平并已在学术界中产生重要影响，在国内眼科学界长期占据举足轻重的地位，并在国际上享有一定的影响力。
2、耳鼻喉科
是北京同仁医院传统的重点学科，与北京市耳鼻咽喉科研究所结合形成了国内具有代表性的专科特色，下设耳科、鼻科、咽喉科和头颈外科四个亚学科，设床位255张，目前门急诊量超过30万人次，年出院量8600余人次，年手术量9000余例次。
3、变态反应科
是对鼻相关过敏性疾病进行诊断、治疗和预防，面向儿童及成人的多交叉二级学科。变态反应(鼻过敏)科承启于鼻科学，专注于过敏性疾病的临床诊疗及基础研究，主攻以鼻腔黏膜炎症性病变为主的鼻病。
4、神经内科
神经感染、神经免疫是科室突出临床特色，涉及神经科、眼科、神经外科、耳鼻咽喉科和胸外科等多学科的交叉学科，针对急性大面积脑梗死、重症肌无力危象、急性心肺功能衰竭、严重中枢神经系统感染疾病等危重症疾病具有丰富的治疗经验，使得各种危重病人死亡率大大降低，明显提高了救治成功率。
5、普外科
拥有深厚的历史积淀，曾开展北京首例肝移植、胰岛细胞移植手术，在肝胆胰脾疾病的治疗水平已达到国家级水平，在部分疑难重症疾病的治疗和高难度手术开展上已处于国内领先地位。
