哈尔滨的医院有哈尔滨医科大学附属第二医院、哈尔滨医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学附属肿瘤医院等。其中哈尔滨医科大学附属第二医院在复旦版榜中排名第67，并在器官移植种类、技术和质量等方面都居国内领先地位；哈尔滨医科大学附属第一医院在复旦版榜中排名第78，同时在《医院蓝皮书：中国医院竞争力报告》中位居第44；哈尔滨医科大学附属肿瘤医院在全国公立医院绩效考核中位列肿瘤专科医院第一方阵，是东北地区肿瘤专科龙头医院。
第一名：哈尔滨医科大学附属第二医院
哈尔滨医科大学附属第二医院是集医疗、教学、科研、预防、保健和康复为一体的大型综合性三级甲等医院。成功地完成心脏移植、肺移植、肝脏移植等移植工作，在器官移植种类、技术和质量等方面都居国内领先地位。成功完成全主动脉置换手术，成为国内能够开展此项技术的两家医院之一。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第67。
第二名：哈尔滨医科大学附属第一医院
哈尔滨医科大学附属第一医院是黑龙江省最大的医疗中心，是三级甲等医院。先后获全国“百佳医院”、“全国百姓放心示范医院”等称号。承担着副省级以上领导、党和国家领导人及重要外宾的保健、诊疗任务，医疗辐射周边国家和地区。2021年4月《医院蓝皮书：中国医院竞争力报告（2020-2021）》中医院位居第四十四名。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第78。
第三名：哈尔滨医科大学附属肿瘤医院
哈尔滨医科大学附属肿瘤医院是黑龙江省唯一集肿瘤预防、医疗、教学、科研为一体的三级甲等专科医院，是迄今为止国内占地面积最大、实际开放床位最多的肿瘤治疗基地。在全国公立医院绩效考核位列肿瘤专科医院第一方阵，是东北地区肿瘤专科龙头医院。
第四名：哈尔滨医科大学附属第四医院
哈尔滨医科大学附属第四医院是一家三级甲等综合性医院。拥有国家级实验教学示范中心、国家重点专科建设项目。医院不断引进世界先进的医疗设备，形成了全球先进的达芬奇手术机器人辅助下的特色微创外科体系，在黑龙江省开展达芬奇机器人辅助下前列腺癌、输尿管癌等。开展国际先进的分子影像诊断技术，并广泛应用于临床。
第五名：哈尔滨市第五医院
哈尔滨市第五医院为集医疗、教学、科研、预防、保健为一体，以骨科、烧伤科为省市重点专科，多学科同步发展的三级甲等综合医院。可开展多项技术，小儿系列先天性髋脱位的治疗达到了国内领先水平；烧伤休克复苏、多器官功能衰竭等的救治水平已跨入国内先进行列；拇指再造术为国内首创。
第六名：哈尔滨市第一医院
哈尔滨市第一医院是集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合性三甲医院。配备了国际、国内的先进设备—全球首款静音磁共振、DSA造影机、靶机等，拥有高压氧群舱。目前，医院在关节外科、脊柱外科、鼻科、疼痛外科等方面的技术步入国内先进水平。
第七名：黑龙江省医院
黑龙江省医院是一家三甲医院，具有先进的医疗设施，一流的设备。其技术力量雄厚，在胆、胰病及门脉高压合并症诊治方面填补了一些国内及省内空白。开展的在局麻下非体外循环心脏不停跳微创左胸小切口冠状动脉搭桥术为世界第四例手术。开展的右腋下小切口冠心病直视手术为全省之最。
第八名：黑龙江中医药大学附属第一医院
黑龙江中医药大学附属第一医院为省内规模大、科室设置全、业务水平高、教学实力强的现代化综合性三级甲等中医医院，也是黑龙江省唯一一所国家中医临床研究基地。医院在规模建设和医疗、科研、人才队伍建设等方面居于全国同行领先水平。
第九名：黑龙江中医药大学附属第二医院哈南分院
黑龙江中医药大学附属第二医院哈南分院是平房地区首家综合性三级甲等中医医院。设有针灸科、康复科、妇科等科室。以国医大师段富津教授为首的七个全国名老中医药专家传承工作室也落户于此，形成全国名老中医药专家传承工作诊疗中心，为广大患友提供高水平的诊疗服务。
第十名：黑龙江省中医院
黑龙江省中医院属于三级甲等中医医院。设内、外、妇、儿、针灸、推拿等科室，配有先进的诊疗设备，可为患者提供优质的诊疗服务。2010年在国家中医药管理局中医医院管理年活动检查评估中取得黑龙江省第一名、全国第五名的好成绩。