哈尔滨医科大学附属第二医院擅长心血管内科、全科医学科、超声科、眼科、皮肤科。这5个科室的诊治技术和规模上均已达到国内先进水平，为患者就医提供可靠基础和保障。
1、心血管内科
是我国床位最多的心内科，连续七年进入复旦专科排行榜全国前十，成为卫生部首批东三省唯一一家包含冠心病、心律失常、先心介入治疗的培训基地，是目前国内开展介入项目最全、开展质量最好的心内科之一。
2、全科医学科
立足于哈医大二院雄厚的医疗资源，整合多科室技术力量，以慢性病、多系统多器官疑难病，诊断不明确的未分化疾病治疗为特色，采取多学科合作，融合临床医疗、健康教育、康复和心理为一体的医学服务模式为病人提供优质的医疗服务，取得了显著的社会效益。
3、超声科
是集医疗、教学、科研为一体的科室，被评为省重点学科、全国临床重点专科。建成并开通国内第一家“超声远程会诊系统”，并率先建成国际首个资源共享的乳腺超声图片库。科室总体水平已跨入国际先进行列，居国内领先水平，已成为黑龙江省超声领域龙头单位。
4、眼科
为省级重点学科、国家临床重点专科项目，其建设规模、医疗服务、学术水平、人才培养和医疗设备等方面均已达到国内领先水平，是集医疗、科研、教学、保健和防盲治盲为一体的现代化多功能机构。
5、皮肤科
是国家级临床重点专科，在本学科领域为业务过硬、技术水平先进、服务质量一流并在省内具有一定影响的科室。可收治各种皮肤病患者，对各种皮炎、银屑病、结缔组织病、大疱性疾病、皮肤肿瘤、皮肤疑难杂症有较好的治疗手段，获得满意疗效，达到了国内先进水平。
