哈尔滨医科大学附属第一医院擅长风湿免疫科、普外科、神经外科、重症医学科、病理科。上述科室在治疗的先进性、全面性、多样性等多方面位居国内前列。
1、风湿免疫科
是国家临床重点专科建设项目单位、国家药物临床试验基地，是省内唯一一家风湿专业临床专科医师培训基地，现已成为一个集医疗、教学和科研于一体的风湿免疫性疾病专门研究机构。
2、普外科
是国家临床重点专科建设项目学科、国家重点（培育）学科。是黑龙江省唯一的省级普外科医疗质量控制中心，现已成为黑龙江省乃至全国普外科中的佼佼者。学科分为八个亚专科，医疗服务能力与水平在本专业居黑龙江省之首、全国前列。
3、神经外科
是继京津沪地区之后，国内建立较早的专业科室之一，集科研、教学、医疗于一体，现为神经外科国家临床重点专科建设单位。专科临床工作涵盖了现代神经外科领域的8个亚专科方向，医疗服务辐射整个东北地区，医疗技术、科研水平等方面均处于国内先进行列。
4、重症医学科
是省内第一家具有现代化设备和专业人才的综合ICU，科室在医疗技术、科研水平等方面均处于国内先进行列。在脏器功能支持治疗及心肺复苏方面快速、准确、成功率高。
5、病理科
是首批国家临床重点专科。科室外检工作量每年高达四万余例，全省最多。目前承担着全省会诊工作，并囊括外省市疑难病例会诊。科室现成立分子病理诊断平台，为省内唯一，东北三省最大，辐射其他周边市县。