（一）消化内科医学部前身是原解放军总医院消化内科，始建于1958年，是中华医学会消化病分会主任委员、中华医学会消化内镜学分会主任委员所在单位。2008年被评为北京市重点学科，2013年被评为全军首批国家临床医学专科中心建设单位。 

医学部2020年6月成立，包含消化内镜超级微创与修复（消化军事医学）、食管胃、肠道、肝脏，胆系、胰腺疾病及肠道微生态等亚专业，拥有7个派驻科室，现有高职专家70名 ，医护人员 430人 。在消化系统常见病, 疑难病诊治和急危重症救治方面特色鲜明，拥有在面积、规模、技术等方面领先世界的国际一流消化内镜中心。医学部在国际率先定名完善了消化内镜隧道技术，替代了一批传统外科手术，降低了手术风险、提高了术后生活质量；率先提出基于保持人体解剖结构不变条件下，达到祛除疾病目的的超级微创手术新概念，替代以切除器官为代价的手术模式，为未来手术方法学与器械研发指明了方向；在肠道微生态与肿瘤表观遗传学研究方面也处于国际国内领先地位。科研成果包括国家科技进步二等奖、军队科技进步和医疗成果一等奖、北京市医学科技一等奖、美国胃肠病学会主席团奖及唯一国际奖、吴阶平医药创新奖，吴阶平—保罗杨森医药奖。 

（二）成立于2012年，现有高职专家3人，专业技术人员8人。消化内科包括门诊、病房和消化内镜室，设有5间内镜操作间，常规开展胃镜、肠镜、十二指肠镜、小肠镜、小探头超声内镜和胶囊内镜检查，开展内镜下注射止血术、食管静脉曲张套扎术、胃静脉曲张组织胶注射术、息肉切除术、内镜黏膜切除术、狭窄扩张术、支架置入术、鼻空肠营养管置入术、内镜下标记术、逆行胰胆管造影术(ERCP)、内镜黏膜剥离术(ESD)和经口内镜下肌切开术(POEM)等内镜治疗，消化内科还开展门脉高压症等消化系统疾病的放射介入治疗。