甲状腺结节和各类甲状腺癌的发生可能与某些癌基因、抑癌基因的突变、激活、抑制、缺失等有关。目前，已知多种候选基因参与了甲状腺结节，尤其是甲状腺肿瘤的发病。甲状腺乳头状癌、甲状腺髓样癌与遗传有关。遗传方式与基因所在染色体有关，既可能是常染色体显性遗传，也可能是常染色体隐性遗传，亦有多基因遗传。大多数甲状腺乳头癌（FPTC）是散发性，但FPTC患者一级亲属中该癌的发病率可上升46倍。家族聚集性分析显示，PTC患者的一、二级亲属和一般人群的患病率均有统计学差异，存在一级亲属＞二级亲属＞一般人群的规律。

由于长期的饮食结构不合理，不良生活习惯，工作压力和不良情绪等因素造成身体的过度酸化，人体的整体机能下降，促使一些正常细胞改变染色体采取主动变异，使肿瘤性状得以表达。另外，甲状腺癌的发病率增加也与环境内分泌干扰物的作用有关，防晒霜、日用化妆品等均含有不同类别的内分泌干扰物，可影响甲状腺功能，促使甲状腺自身免疫异常，可能与甲状腺癌发病率增加有关。吸烟对于甲状腺结节的发生存在一定的影响，吸烟可以使甲状腺结节的患病率增高。实验研究已证明硫氰酸盐可能是烟草中对甲状腺影响最大的成分。硫氰酸盐是氰化物的降解产物，可以竞争性地抑制碘的吸收和有机化，使机体内碘的浓度下降导致甲状腺结节的患病率升高。饮酒可能使甲状腺结节的患病率下降。研究发现，中等量及大量饮酒者的甲状腺肿和甲状腺单发结节的患病率较少量饮酒者明显下降，甲状腺多发结节的患病率也呈现出下降趋势。

甲状腺结节和甲状腺癌的自身病因：1、性别。2、年龄。3、体重。4、性激素。女性甲状腺肿和甲状腺结节的患病率显著高于男性。在70-74岁的人群中，女性和男性甲状腺结节的患病率分别为52%和29%。甲状腺结节的患病率随年龄增长而不断増高，其中单发结节的患病率在不同年龄组间无显著差异，而多发结节的患病率年龄增长不断增高；甲状腺结节在儿童中的患病率很低,约为1%-1.5%，但是其发生恶性的危险性是成人的4倍。体重似乎也与甲状腺肿和甲状腺结节的发生有关。体重指数（BMI）与多发性甲状腺结节的发生呈正相关。高BMI增加甲状腺癌的风险，特别是女性。女性＞50岁，BMI≥30-35kg\/m2增加患甲状腺癌的风险。18岁前超重或肥胖，尤其是女性，以后患甲状腺癌的概率增加。韩国的研究显示，男性甲状腺癌的发病率与BMI相关。女性生育期甲状腺癌的发病率明显高于男性，青春期前和绝经后与男性的发病率大致相同，而且绝经后发病率呈明显的下降趋势。甲状腺癌组织中有雌激素受体(ER)的表达，体外试验发现随着雌激素的增加，雌激素受体阳性的PTC原代培养细胞发生增殖反应增强。月经不调、首次怀孕年早、服避孕药、子宫切除和卵巢切除都可使发生甲状腺癌的危险性增高。