咽扁桃体、腭扁桃体、舌扁桃体、咽鼓管扁桃体的位置与形态均有差异。

咽扁桃体

咽扁桃体形如花菜，在咽顶部水平向鼻后孔后方突出。无深的隐窝，仅具有浅的内褶，位于呈矢状方向的黏膜隆起之间。与咽扁桃体的咽上部相同，其上皮为假复层纤毛上皮及含有杯状细胞的柱状（呼吸）上皮。

腭扁桃体

腭扁桃体位于腭弓的空洞内，即扁桃体窝。扁桃体窝被口腔黏膜覆盖（分层的、非角化的鳞状上皮），含10-20个腺窝样凹陷的扁桃体陷窝。隐窝中的淋巴组织形成集合滤泡。

舌扁桃体

舌扁桃体表面凹凸不平，位于舌根部；呈扁平状，有多个被次级淋巴小结包围（舌淋巴结）的隐窝样黏膜内折。分泌黏液的舌后腺开口于隐窝的基底部。

咽鼓管扁桃体

黏膜下的咽鼓管扁桃体位于咽鼓管的内开口，为咽扁桃体的延续。包括一组小的次级淋巴结。

扁桃体炎为扁桃体的常见病变，可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎两种，两者病因有所不同。

急性扁桃体炎

急性扁桃体炎是指腭扁桃体的急性非特异性炎症性疾病，乙型溶血性链球菌是主要的致病菌，非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌、流感杆菌等也可引起发病；此外病毒，如腺病毒、鼻病毒或麻疹病毒也是常见的病原体；也可以是细菌与病毒的混合感染。

慢性扁桃体炎

慢性扁桃体炎是急性扁桃体炎反复发作，多次急性炎症逐渐形成的腭扁桃体的慢性炎症改变，或者扁桃体隐窝内聚集的细菌、病毒及炎性渗出物反复刺激形成的扁桃体慢性炎症性疾病。常见致病菌为链球菌、金黄色葡萄球菌等。