扁桃体是咽部淋巴组织的一部分，通常讲的扁桃体是腭扁桃体，还有其它扁桃体，包括咽扁桃体、舌扁桃体，以及咽鼓管扁桃体，加上咽侧索和咽后壁淋巴滤泡，它们之间相互交通，构成咽部淋巴环的外环。通常讲的扁桃体只是淋巴环路上的一部分，在免疫系统建立的早期，扁桃体可以摄取和呈递抗原，对于建立免疫系统意义重大。
但当免疫系统完全建立时，扁桃体作为外周免疫器官，也存在着一定免疫功能，但当扁桃体过于肥大或反复发炎，成为病灶时，应尽早切除，以免引起更严重的并发症。扁桃体只是整个免疫系统里，咽淋巴环中很小的一部分，所以 切除它并不会对整个免疫系统造成很大的影响。