扁桃体口腔结石，如果没有症状通常可以观察，不需要处理。但是部分病人有扁桃体结石，出现口臭、咽部异物感，以及咽干、咳嗽等症状，在咳嗽时，扁桃体结石吐出时有臭味，这时需要临床治疗。
可以用棉签、镊子或口腔冲洗器。将扁桃体咽喉内结石清除，然后可以用含片、漱口水，以及治疗咽喉炎的中成药进行治疗。
通常病人炎症消除后，扁桃体隐窝开放，扁桃体隐窝里的食物残渣，以及颗粒等，随着进食、喝水以及漱口等，将扁桃体隐窝里面的东西清理干净，扁桃体结石就得到根治。
扁桃体结石主要是由于扁桃体隐窝口的炎症，导致隐窝口狭窄，隐窝里有食物残渣以 及细菌的尸体、脱落的上皮、黏液等，形成了此种颗粒，时间长了以后就钙化形成扁桃体结石。
如果扁桃体结石治疗效果不好，反复出现或者是出现比较多的扁桃体结石，这时也可以行扁桃体切除手术。