曲阜市中医院肛肠科是济宁市“十二五”重点中医专科。现有医疗人员4名，先后在全国肛肠病治疗中心天津市人民医院、北京肛肠医院、南京中医院等进修学习，并常年与全国肛肠病中心进行技术协作。目前拥有电子肠镜直肠镜治疗系统，设置了专门的中医药综合治疗室，配备有多功能肛肠治疗仪、智能熏洗机、肛门镜、肛肠术后电频止痛治疗仪、专科检查床等专科设备。科室坚持中西医结合方向，在继承中发展，在发展中创新，坚持突出中医特色，专科已形成三大研究方向：1、保持中医传统特色，开展“无痛或减痛”等微创手术诊治痔瘘裂等常见肛门疾病；2、中药辨证论治与现代手术相结合，配合针灸、推拿等综合的治疗手段，个体化、规范化诊治功能性便秘及盆底失迟缓症、会阴下降综合征等各类盆底疾病；3、中医辨证施治及中药保留灌肠治疗炎症性肠病。肛肠科博采众长，吸取中医药优势和现代手术的双重优点，成功开展了环状混合痔、高位复杂性肛瘘、出口梗阻性便秘的手术治疗。目前科室采用“二步切除法”治疗环状混合痔及“半缝合半引流术”治疗复杂性肛瘘在国内处于领先水平；采用中西药保留灌肠治疗溃疡性结肠炎有独到之处。同时加强肛肠病无痛手术的特色研究，以“微创伤、微疼痛”为特色，以“短病程、高疗效”为理念，在有效保护肛门功能与提高疗效方面形成独特的理念、方法，临床工作中注重“无痛或减痛技术”等微创手术治疗肛肠疾病，术后具有创伤小、痛苦少、病程短，无并发症及后遗症等特点，开展的PPH(痔上粘膜环切术) 、PRH(内痔套扎术)、TST(选择性痔上粘膜切除术)等“无痛或减痛技术”治疗肛肠疾病疗效显著。目前科室综合实力和整体水平已进入全省先进行列，形成全市肛肠医疗技术优势和专科特色群体优势，在我市及周边县区医疗行业享有较高声誉，是曲阜市唯一一个系统诊治肛肠疾病的专科，是曲阜市肛肠疾病最终转诊科室。