曲阜市中医院始建于1987年，现已发展成为一所占地49.4亩，业务用房4.5万余平方米，3.32万平方米的二期工程正在推进建设中，集医疗、急救、预防、教学、科研、保健和康复为一体的综合性三级甲等中医医院。

医院以“三名”战略为总抓手，坚持走“名医、名科、名院”品牌建设之路。医院编制床位800张，现有职工923人，其中副高级以上专业技术人员133人，博士研究生2人，硕士研究生92人；山东省中医药杰出贡献奖1人，全国基层名老中医药专家1人，山东省名中医药专家3人，山东省中医临床骨干3人，济宁市名中医药专家7人，济宁市杏林名医3人，曲阜市名医13人，济宁市中医药人才“金银花”培养项目培养对象13人（中医药领军人才2人、中医药学科带头人1人，中医药中青年骨干7人、儒医新秀3人）；学术流派传承弟子15人。医院现有临床、医技科室43个，设立中医综合治疗室18个，国家、省市级重点中医专科17个，其中针灸康复科为国家中医药管理局批准的“农村医疗机构针灸康复特色专科”，骨伤科、肿瘤科、儿科为山东省重点中医专科，骨伤科、肿瘤科、儿科、肛肠科、重症医学科、中医护理、脑病科、神经外科、肝胆脾胃病科、外科、妇产科、内分泌科、老年病科等科室为济宁市重点专科，肺病科、骨伤科、心病科、脑病科、肝胆脾胃病科、肿瘤科、儿科、妇科、肛肠科、肾病科、推拿科、治未病科12个科室入选齐鲁中医药优势专科集群建设单位。2023年肝胆脾胃病科被济宁市卫健委确定为中医经典病房试点科室。医院成功加入中国创伤救治联盟，成为中国创伤救治联盟创伤救治中心建设单位、胸痛中心全国心电一张网建设单位。顺利通过全国心衰中心评审，成为全国疼痛综合管理试点医院。获批山东省儿童青少年脊柱侧弯中医药干预基地、济宁市首批老年友善医疗机构示范单位。皮肤科通过了中华医学会皮肤性病学分会银屑病专业委员会“银屑病专病门诊”县域皮肤科基层诊疗能力提升项目验收。

医院配备美国GE公司超高端宝石能谱CT、1.5T静音核磁共振、血管造影机、美国瓦里安直线加速器、意大利GMM和德国西门子数字胃肠机、肿瘤综合治疗设备、飞利浦高端彩超、腹腔镜、宫腔镜、椎间孔镜、关节镜、神经外科眼科手术显微镜、体内体外碎石机等大型医疗设备200余台（套），拥有高标准层流净化ICU、手术室，全力推进“胸痛、卒中、创伤”三大中心建设，急救能力达到同级综合医院水平。坚持以高精尖设备为依托，立足医学前沿，推动技术创新，骨伤科、脊柱骨科、关节骨科、肿瘤科、妇科、普外科、神经外科、耳鼻喉科微创、介入治疗等高端技术在医院广泛开展，多项技术及设备填补曲阜市空白，医院整体实力居全省中医医院前列。

2013年，医院成功创建三级甲等中医医院，2018年、2022年顺利通过三甲复审，综合服务能力进一步提升，为国家级农村中医药知识与技能培训示范基地、山东省中医住院医师规范化培训基地、山东省社区中医全科医师临床实践基地、山东省“西学中”培训基地、济宁医学院非隶属附属医院、山东中医药大学和山东中医药高等专科学校教学医院；先后建有国家中医药管理局龙砂医学流派传承工作室曲阜推广工作站、燕京刘氏伤寒流派传承工作室、黄煌经方曲阜市中医院工作室、齐鲁杜氏皮肤湿热流派杜锡贤教授工作室、山东省名中医药专家李宏工作室等一批名医工作室。先后荣获“全国爱婴医院”、“山东省文明单位”、“山东省优质服务百佳医院”、“山东省中医药文化建设示范单位”、“济宁市中医工作先进集体”、“济宁市示范中医医院”等荣誉称号。