武汉的三甲医院较多，主要包括华中科技大学同济医学院附属同济医院、华中科技大学同济医学院附属协和医院、武汉大学人民医院等，分别荣获复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》第6、7、40名。 华中科技大学同济医学院附属同济医院设62个临床和医技科室；拥有世界卫生组织康复培训中心、国家重大公共卫生事件医学中心、国家妇产疾病临床医学研究中心；国家重点学科11个（含培育学科3个）、国家临床重点专科建设项目33个（全国第二）；教育部重点实验室2个、卫健委重点实验室2个、湖北省重点实验室4个。 华中科技大学同济医学院附属协和医院的特色专科有心血管内科、血液科、呼吸与危重症医学科、消化内科、内分泌科、神经内科、肾内科、风湿免疫科等。而武汉大学人民医院致力于打造中部唯一、全国第四家重离子医院，以重离子医学中心为优势。 除此之外，武汉大学中南医院、武汉大学口腔医院等三甲医院也比较不错，对于疾病的诊疗有着丰富的经验，同时也是武汉市口碑、影响力等不错的医院。