上海感染科医院排名靠前的是复旦大学附属华山医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、上海市公共卫生临床中心等。 复旦大学附属华山医院感染病科为国家教委首批重点学科，在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》名列第1，数十年来在诊治经典传染病及感染病的医疗、教学、科研工作中已形成学科特色和优势，是国内重要的病毒性肝炎相关肝病和其他感染病临床医疗中心之一。 上海交通大学医学院附属瑞金医院感染科由临床、重症肝炎研究室、临床病毒研究室及传染病与流行病教研室组成，在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》名列第5。临床收治病种广泛，在综合性教学医院中，瑞金医院感染科规模居全国前列，目前科室保持了在重症肝炎研究领域的领先优势，居于全国领先地位。 上海市公共卫生临床中心感染科擅长各类中枢神经系统感染(结核、细菌、真菌、病毒、梅毒等）的诊疗、发热待查及各种寄生虫感染,、原发免疫缺陷病的基因诊断及治疗等。通过早期的康复干预措施，专业的治疗、护理，显著降低了中枢神经系统感染疾病的致死致残率，形成了科室的特色品牌。