治疗脑血栓的权威医院有北京天坛医院、复旦大学附属华山医院、四川大学华西医院等，脑血栓需到神经外科，这三家医院的神经外科在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》排名中分别位居第一、第二和第三。 北京天坛医院神经外科，现已成为国内规模最大、亚专科最齐全的神经外科临床诊疗、教学和科学研究中心，是国家教育部重点学科、国家卫生部重点专科、教育部神经外科医师培训基地。 复旦大学附属华山医院神经外科是国家重点学科、国家临床重点专科、上海市领先学科、国家WHO神经科学研究与培训中心、复旦大学“重中之重”建设学科、上海市神经外科临床医学中心、上海市神经外科急救中心，是国内主要的神经外科中心。 四川大学华西医院神经外科是卫生部全国首批三大神经外科临床医生培训基地之一，属于国家卫生计生委首批临床重点专科，在诊治复杂颅内血管病、颅底肿瘤、脑深部病变等方面处于国内先进水平。