上海肛肠科好的医院包括上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院等。其中，上海交通大学医学院附属瑞金医院普外科肛肠专业是院特色专业之一，在全国有广泛的社会影响。拥有国内外知名的专家教授，在疑难肛肠疾病治疗方面深有造诣，且有自身的特色与专长。除拥有先进的治疗设备与仪器，还自行发明一系列实用的手术与照明器械，在减轻病人痛苦的同时，提高了手术的成功率。 复旦大学附属中山医院是上海市第一批三级甲等医院，学科综合实力出众，拥有国家临床重点专科建设项目20个，上海市“重中之重”临床医学中心3个，在肛肠科室相关疾病诊疗方面积累了丰富的临床经验，具有较高的诊疗水平。 复旦大学附属华山医院普外科， 创立于1907年，为国家级重点建设学科（外科学），以肝胆、胃肠和乳腺肿瘤等传统优势领域为重点，代谢与血管外科并重。下设肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、微创代谢疝外科和血管外科等五个专科。