龈上牙结石的清除，主要是超声波洗牙，也就是超声波洁治。通常用超声波的器械，来去除龈上的牙石和菌斑。当去除了龈上的牙石和菌斑1周以后，再经过专科的检查来决定是否需要进行龈下牙结石的清除；

龈下牙结石的清除，叫龈下刮治。龈下刮治既可以用超声波的方法来进行，也可以用手工的器械来进行。对一些不能采用超声器械的患者，可以使用手动的刮治器，来清除龈下的牙结石和菌斑；

通常去除牙结石之后，还要对牙面进行抛光处理，以去除牙面上残留的色素和细小牙石，保持牙齿表面的光洁，减少牙石脱落后的不适感。也避免新的菌斑很快地附着在牙齿上，并形成牙结石，导致牙龈和牙周组织进一步破坏。