深圳的三甲医院包括深圳市人民医院、深圳市第三人民医院、北京大学深圳医院等多家。其中深圳市人民医院在华南区综合实力排行榜位列第13名，并在国考中排名62名，连续三年取得等级A+的优异成绩；深圳市第三人民医院在2021年发布的中国医院排行榜中，该院首次进入全国百强医院榜单，这也是深圳首家进入复旦版中国百强的医院；北京大学深圳医院被誉为“深圳最美医院”，在全国三级公立医院绩效考核中，连续四年进入全国百强，并获得A+等级。
第一名：深圳市人民医院
深圳市人民医院为深圳首家“三级甲等”医院，现已发展成为一个功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、住院医师规培、保健为一体的深圳市最大的现代化综合性医院。2020年艾力彼全国顶级医院100强榜第82名，复旦大学医院管理研究所“华南区综合实力排行榜”第13名，2020年度三级公立医院绩效考核位列62名，连续三年获评等级A+。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第99。
第二名：深圳市第三人民医院
深圳市第三人民医院目前已建设成为深、港、澳及珠、莞、惠等珠三角地区规模大、设备先进、功能完善的感染性疾病诊疗与研究中心，主要承担深圳和周边地区传染病与重大疫情的防控任务并开展综合医疗服务。在2021年发布的《2020年度中国医院排行榜》，医院首次进入全国百强医院榜单，这也是深圳首家医院进入复旦版中国百强医院。
第三名：北京大学深圳医院
北京大学深圳医院是深圳市政府投资建成的现代化三级甲等综合性公立医院，被誉为“深圳最美医院”，是广东省高水平医院第三批重点建设医院、广东省公立医院改革与高质量发展示范医院。在全国三级公立医院绩效考核中，医院连续四年进入全国百强，获得A+等级。
第四名：深圳市第二人民医院
深圳市第二人民医院是集医疗、教学、科研、康复、预防保健和健康教育“六位一体”的现代化综合性医院，是深圳市首批两家“三甲”医院之一，入选广东省高水平医院重点建设单位，在2018年、2019年度国家三级公立医院绩效考核中均为A+等级，连续两年在深圳市三级综合医院中蝉联第一。
第五名：中山大学附属第八医院
中山大学附属第八医院是国家三级甲等医院，医院立足中山大学“双一流”战略布局，以需求为导向，确定优先发展以骨科、心血管内科两大重点学科，以点带面协同康复医学、影像学等多学科错位发展，持续建设院本部公共实验平台和各学科特色发展的科研平台。
第六名：深圳市儿童医院
深圳市儿童医院是一家集医疗、保健、科研、教学、康复为一体的综合性儿童医院，也是广东省唯一一家三级甲等儿童专科医院，入选“广东省第二批高水平医院重点建设医院”名单。在2021年度全国三级公立医院绩效考核中，位列全国儿童专科医院第8名。在复旦大学医院管理研究所发布的中国医院排行榜中，深圳市儿童医院小儿内科位列华南地区第三，小儿外科位列第二。
第七名：中山大学附属第七医院
中山大学附属第七医院拥有胃肠外科、肾病科、急诊医学科、重症医学科等4个深圳市医学重点（培育）学科和深圳市中医特色专科—中医糖尿病专科。医院获批省重点实验室1项，各类纵向科研基金立项298项，发表各类论文共计1200余篇，其中国际高水平论文近400余篇，科研竞争力在中大系统和深圳市医疗卫生系统中均排名前列。
第八名：香港大学深圳医院
香港大学深圳医院是国家三级甲等综合医院，入选广东省高水平医院建设单位，以深港合作为契机，全面引进香港大学具国际一流水平之优势学科，并优先打造卓越诊疗中心，包括心血管医学中心、神经医学中心、肿瘤医学中心，逐步引进国际一流的先进医院管理经验和医疗技术，为市民提供优质医疗服务。
第九名：深圳市罗湖区人民医院
深圳市罗湖区人民医院现已发展成为一家集医疗、教学、科研、预防、保健与康复为一体，学科齐全、设备先进、技术力量雄厚的现代化三级甲等综合医院。医院始终把学科建设作为医院持续发展的核心战略，其中在复旦大学发布的2018和2019年度华南地区检验医学排行榜中连续两次排名前十，位列深圳市前茅。
第十名：深圳市宝安区人民医院
深圳市宝安区人民医院是国家三级甲等综合医院，是一家集医疗、预防、保健、康复、科研、教学于一体的大型综合医院。现有省级重点专科2个，市级重点专科1个，区级重点专科6个，获得全国百佳医院、国家级青年文明号、全国卫生系统先进集体、全国卫生文化建设先进单位等荣誉称号。