深圳市人民医院擅长呼吸与危重症医学科、肾内科、中医科、妇科、新生儿科。这5个科室实力雄厚，为常见和疑难罕见疾病患者提供高质量的诊疗服务。
1、呼吸与危重症医学科
是国家级临床重点学科，广东省和深圳市临床重点专科，在深圳市历年的重大应急事件如SARS、禽流感等抢救中起举足轻重的作用。开展了难治性气胸自体血封堵术、经纤支镜支气管胸膜瘘封堵术、ARDS患者体外膜肺氧合（ECMO）治疗等多项国内领先技术。
2、肾内科
是广东省高水平临床重点专科，在深圳市率先开展经皮肾穿刺活检术，并完成了深圳市第一例移植肾活检。科室开展第一例永久性腹膜透析置管术，年平均完成腹膜透析手术近百台次，规模位居全国十大腹膜透析中心之一，在广东省排名第二。
3、中医科
是深圳市首批综合医院示范中医科，深圳市中医特色专科（血栓病专科），广东省“十二五”中医重点专科（老年病专科）创建单位。科室集中医及中西医结合临床、教学和科研为一体，属临床一级科室，为暨南大学中西医结合临床博士、硕士培养专业，具有较大规模与影响力。
4、妇科
是深圳市妇科医疗行业中历史最悠久、规模最大、亚专业学科最齐全的科室。它是集医疗、教学、科研、保健为一体的现代化综合专业科室。作为深圳市唯一妇科领先学科及唯一妇科品牌学科，长期承担着对全市范围内各级医疗单位的妇科疑难病例会诊及手术工作。
5、新生儿科
开设主要专科有新生儿心肺疾病的诊治、新生儿脑损伤的诊治、早产儿/超未成熟儿的救治与管理。对多种新生儿心肺危重症有丰富救治经验，新生儿动态心电图及心率变异性的临床应用，经同行专家评审，处于国内领先水平，新生儿先天性心脏病围术期处理达国内先进水平。