文山壮族苗族自治州中医医院擅长的科室有肛肠科、骨外科、康复科、肾病科、妇产科等。
1、肛肠科
文山壮族苗族自治州中医医院肛肠科是该院集医疗、教学、科研、康复为一体的大肠肛门病专业科室，为云南省重点专科，也是国家中医药管理局重点专科建设单位，团队手术精湛，中医特色优势明显。开展痔、瘘、裂、脱肛、肛痈、直肠脱垂、直肠前突、骶尾部窦道、直肠阴道瘘、直肠肿物、肛周皮肤和性病等手术，以及便秘、胃肠息肉、炎症性肠病、脾胃和盆底等疾病的中西医综合治疗。
2、骨外科
文山壮族苗族自治州中医医院骨外科是云南省中医重点专科，以治疗泌尿外科、普通外科为主。目前已形成了一个专业梯队较合理、医德高尚、诊疗规范、技术精湛、有中西医结合特色能进行各种外科常规及复杂手术的科室。注重中西医结合，提高了各种普外、泌尿系疾病的诊治水平，能开展各种复杂的普外、泌尿系手术，技术水平尤其是微创泌尿外科领域在该地区有较大影响。
3、康复科
文山壮族苗族自治州中医医院康复科是该院集临床、科研、教学、预防为一体的康复医学专科，为云南省第三批重点中医专科、文山州康复医学会挂靠单位、文山州残联小儿康复及全州工伤康复定点科室。坚持中医整体观及辨证论治为指导思想，以“中西医结合”为导向，采用康复、治疗、预防一体化服务模式，充分发扬和继承祖国传统医学的同时积极开展现代康复医学治疗技术诊治疾病。
4、肾病科
文山壮族苗族自治州中医医院肾病科是云南省中医重点专科，是在原内科基础上发展起来的中医专科。开展的特色疗法有中药结肠透析、血液透析、血液灌流、血液透析滤过、中药热奄包、中药穴位贴敷、艾灸、督脉灸、荞麦包等，主要诊治的优势病种有慢性肾衰、热淋、胃痛等。
5、妇产科
文山壮族苗族自治州中医医院妇产科是文山州中医重点专科，是集临床、教学、科研、保健为一体的中西医结合科室。擅长妇科各种炎症、肿瘤、宫外孕、不孕症的诊治。开展产前检查，无痛分娩、剖宫产术、产后盆底康复治疗等。中药阴道冲洗、微波理疗治疗阴道炎；中药保留灌肠等为特色诊疗服务。