吉林省三甲医院排名靠前的有吉林大学第一医院、吉林大学第二医院、吉林大学中日联谊医院等。吉林大学第一医院在复旦版榜中排名第57，是吉林省唯一一家具有肝移植、肾移植资质的医院；吉林大学第二医院在全国首批开展25G微创玻璃体视网膜手术，率先在吉林省开展了项目齐全的心脏介入治疗技术；吉林大学中日联谊医院拥有4个国家临床重点专科，连续两年获得吉林省医疗机构评价考核第一名。
第一名：吉林大学第一医院
吉林大学第一医院，是集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型综合三级甲等医院。医院稳步开展公民逝世后器官捐献和器官捐献来源的肝脏、肾脏移植工作，现已成为吉林省唯一一家具有肝移植、肾移植资质、脑死亡判定质控合格医院、吉林省器官获取组织、吉林省眼库所在单位，器官捐献与移植总量位列东三省第一，全国前十。移植的例数、成功率、患者的长期存活率等各项指标位居全国前列。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第57。
第二名：吉林大学第二医院
吉林大学第二医院是一所国家卫生计生委管理、教育部直属高校附属，集医疗、教学、科研、康复、保健于一体的现代化三级甲等综合性临床医学院。眼科在全国首批开展25G微创玻璃体视网膜手术，鼻内窥镜下眼眶微创手术，并处于领先水平。心血管内科率先在吉林省开展了项目齐全的心脏介入治疗技术，已成为吉林省介入心脏病学领域开展项目最多、病例最多、成功率最高的领头科室。
第三名：吉林大学中日联谊医院
吉林大学中日联谊医院，是国家教育部直属全国重点综合性大学——吉林大学所属的、国家卫生健康委员会属（管）的集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。医院神经病学是国家重点学科单位；骨科学、耳鼻咽喉-头颈外科学是国家卫健委重点建设学科；手外科、泌尿外科、医学影像科、风湿免疫科是国家临床重点专科。连续两年获得吉林省医疗机构评价考核第一名，连续三年获得先进单位称号。
第四名：吉林大学口腔医院
吉林大学口腔医院，是吉林省唯一的三级甲等口腔医院，是吉林省及邻近地区口腔医学教学、科研、医疗和预防保健中心。开展了3D打印及CGF在双侧下牙槽神经移位同期牙种植术中的应用、新型上颌窦底提升术、帐篷法骨增量技术在口腔种植的临床应用、超亲水种植体的临床应用、关节镜辅助关节盘复位固定术、胶原蛋白基质在根尖孔形成根尖屏障上的应用等多项新技术、新疗法，全面实施四手操作，为患者提供优质服务。
第五名：吉林省肿瘤医院
吉林省肿瘤医院，是全省唯一集医疗、教学、科研、预防为一体的大型现代化三级甲等专科医院，是吉林省规模最大、技术力量最雄厚的肿瘤防治中心。医院特色专科突出，拥有2个肿瘤诊疗领域的国家重点专科，5个省级重点专科，4个省级重点实验室，10个省级诊疗中心；是首批“卫生部国家癌痛规范化治疗示范病房”单位。
第六名：吉林省人民医院
吉林省人民医院是集医疗、科研、教学、预防保健为一体的省属大的综合性三级甲等医院。医院相继开展了许多在省内甚至国内处于地位的新技术，并确立了技术地位。眼、耳鼻喉科开展的羊膜填塞术治疗角膜穿孔，连续视程人工晶状体植入，青白联合张力环植入治疗晶体脱位继发青光眼手术，白内障手术联合玻璃体腔注药术治疗白内障合并黄斑病变，人工耳蜗植入术等。
第七名：吉林市中心医院
吉林市中心医院是吉林地区规模最大，综合实力最强，集医疗、科研、教学、预防保健、康复于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，是国家卫生计生委确定的吉林省北部区域医疗中心。省、市重点专科数量稳居全市之首；烧伤整形外科为省级重点专科；碳钛人工关节、肾脏病为省级重点研究室；心内科、病理科为省级特色专科；医院有心内科、神经内科、肾内科等16个市级重点专科。
第八名：梅河口市中心医院
梅河口市中心医院是一所集医疗、教学、科研、康复、急救为一体的公立三级甲等综合医院，拥有普外科、骨外科两个吉林省重点实验室，心血管内科、呼吸与危重症医学科、神经内科、神经外科、麻醉科、眼科、耳鼻喉科、妇科、产科、儿科、新生儿科、中医科、肿瘤诊疗中心、康复医学中心、医学影像中心、医学检验中心、内镜中心等区域内特色专科及现代化的体检中心。
第九名：四平市中心人民医院
四平市中心人民医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的现代化大型综合性三级甲等医院。承担着四平地区及吉林、辽宁、黑龙江、内蒙等省份部分区域的医疗服务和急诊急救工作。拥有普外科等3个吉林省重点学科；1个吉林省特色专科；心血管内科等15个四平市重点学科；医学检验科等13个四平市医疗质量控制中心。
第十名：北华大学附属医院
北华大学附属医院是一所科室建制完善、人才梯队合理、技术水平领先、医疗设备精良的综合性三级甲等医院。医院有临床科室33个，医技和其他技术科室15个，省重点专科2个，市重点专科7个。设有临床免疫研究室、心血管病研究室、脑血管病研究室、手显微外科研究室、医学真菌研究室、肾病（风湿病）研究室、呼吸病研究室、糖尿病与代谢性骨病研究室等8个研究室，其中临床免疫研究室为省卫生厅重点研究室。