吉林大学第一医院擅长感染内科、神经内科、神经外科、精神科、整形科。这5个科室在科室医疗、教学和科研工作量及技术力量方面实力较强，患者可视情况就医。
1、感染内科
是吉林省医学会、长春市医学会主任科室。承担带动吉林省感染病学、传染病学医务工作者的学术交流、知识更新责任。科室在诊断和治疗不明原因发热、布鲁氏菌病、蜱传疾病等方面积累了丰富的经验。
2、神经内科
是国家重点学科，科室在国内率先建立了神经病理研究室及脑库，一直处于全国领先地位。近年来，科室在脑血管病、神经免疫病及癫痫发病机制、老年期痴呆、神经变性病、遗传基因多态性及蛋白质组学研究方面达到国内领先水平。
3、神经外科
是吉林省最早的、全国第一批神经外科，开创了全国颅内出血外科治疗的先河，肩负着吉林省神经系统疑难病症的会诊和治疗任务。治疗水平在全省处于领先优势，部分项目达到国内先进水平。
4、精神科
是吉林省长春市医疗重点专科，科室以吉林大学白求恩第一医院为背景，应用药物治疗、心理治疗及物理治疗等方法，对器质性精神障碍、酒精中毒性精神障碍、精神分裂症、心境障碍、家庭和婚姻及人际关系等方面求助者提供帮助与诊治，并在全省居领先水平。
5、整形科
是省内最权威的专业整形美容外科，科室是国内第一批建立的整形美容专业科室，拥有权威的技术、高素质的团队、良好的信誉，目前已成功开展整形美容手术数百种，部分属省内首例。