深圳比较好的医院是深圳市人民医院、深圳市第三人民医院、北京大学深圳医院等，其中深圳市人民医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第99，在2020年艾力彼全国顶级医院100强榜第82名；深圳市第三人民医院在2021年首次进入全国百强医院榜单；北京大学深圳医院在全国三级公立医院绩效考核中，医院连续四年进入全国百强，获得A+等级。
第一名：深圳市人民医院
深圳市人民医院为深圳首家“三级甲等”医院，现已发展成为一个功能齐全、设备先进、人才结构合理、技术力量雄厚，集医疗、科研、教学、住院医师规培、保健为一体的深圳市最大的现代化综合性医院。2020年艾力彼全国顶级医院100强榜第82名，复旦大学医院管理研究所“华南区综合实力排行榜”第13名，2020年度三级公立医院绩效考核位列62名，连续三年获评等级A+。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第99。
第二名：深圳市第三人民医院
深圳市第三人民医院目前已建设成为深、港、澳及珠、莞、惠等珠三角地区规模大、设备先进、功能完善的感染性疾病诊疗与研究中心，主要承担深圳和周边地区传染病与重大疫情的防控任务并开展综合医疗服务。在2021年发布的《2020年度中国医院排行榜》，医院首次进入全国百强医院榜单，这也是深圳首家医院进入复旦版中国百强医院。
第三名：北京大学深圳医院
北京大学深圳医院是深圳市政府投资建成的现代化三级甲等综合性公立医院，被誉为“深圳最美医院”，是广东省高水平医院第三批重点建设医院、广东省公立医院改革与高质量发展示范医院。在全国三级公立医院绩效考核中，医院连续四年进入全国百强，获得A+等级。
第四名：深圳市第二人民医院
深圳市第二人民医院是集医疗、教学、科研、康复、预防保健和健康教育“六位一体”的现代化综合性医院，是深圳市首批两家“三甲”医院之一，入选广东省高水平医院重点建设单位，在2018年、2019年度国家三级公立医院绩效考核中均为A+等级，连续两年在深圳市三级综合医院中蝉联第一。
第五名：中山大学附属第八医院
中山大学附属第八医院是国家三级甲等医院，医院立足中山大学“双一流”战略布局，以需求为导向，确定优先发展以骨科、心血管内科两大重点学科，以点带面协同康复医学、影像学等多学科错位发展，持续建设院本部公共实验平台和各学科特色发展的科研平台。