重庆医院排名比较靠前的是陆军军医大学第一附属医院、重庆医科大学附属第一医院、重庆医科大学附属儿童医院等。其中陆军军医大学第一附属医院在复旦版榜排第25名，烧伤科、病理科、检验科、整形外科等多个科室进入复旦专科榜前十；重庆医科大学附属第一医院拥有国家临床重点专科建设项目18个，是重庆市唯一一家同时获肝、肾移植技术准入的地方医院；重庆医科大学附属儿童医院是国家儿童区域医疗中心，在全国最佳医院排行榜中连续11年蝉联专科综合排行前三甲。
1、陆军军医大学第一附属医院
该医院是一所现代化综合性医院，被评为“三级甲等”医院。在2020年复旦大学医院排行榜中综合排名全国第25。医院致力于临床高新技术培育，开展了多项国际、国内领先的临床新技术，如异种皮移植、移动MRI等。在烧（创）伤、消化系疾病（肝病）、心脑血管病等领域具有优势，同时还有乳腺、关节、风湿病、新生儿重症等专病特色。
2、重庆医科大学附属第一医院
该医院是一家融医疗、教学、科研、预防、保健和涉外医疗为一体的重点大型综合性教学医院。医疗技术精湛，擅长器官移植、微创、介入、无痛诊疗等优势技术。各学科均具有特色优势，综合诊断治疗水平居国内先进行列。同时，该医院的科教成效显着，形成了以脂糖代谢、眼科及重症医学等为代表的“五大优势学科群”。
3、重庆医科大学附属儿童医院
该医院是国家三级甲等综合性儿童医院、国家儿童区域医疗中心（西南）和国家一流本科建设单位，致力于提高儿童健康水平和促进儿科医学事业发展。以科教引领和仁心仁术护佑儿童健康为核心理念，以建设国内一流、国际先进的儿童医学中心为发展目标，推进医疗、教学、科研和管理全面发展。
4、陆军军医大学新桥医院
该医院是一所大型综合性现代化教学医院，技术力量雄厚，设备先进，集医疗、教学、科研、预防保健等于一体。医院在器官移植、心脏衰竭、肾脏衰竭等重大疑难疾病救治方面居国内领先水平，血液净化、超声及放射诊断等也居行业先进水平，形成了以口腔颌面、皮肤等器官系统疑难疾病及肿瘤、重症创伤救治为特色的强大综合医疗实力。
5、重庆大坪医院
该医院是全军唯一集医疗、教学、科研为一体的大型综合性军队医疗卫生机构，以急危重症和介入微创治疗为特色，在国内领先。率先开展心、肝、肺肾等大器官移植，小儿心脏移植填补国内空白，肺移植存活时间居国内第二，并创新性地开展中子刀治疗宫颈癌、游离空肠代食管术等新技术。
6、重庆医科大学附属第二医院
该医院是集医疗、教学、科研、预防保健为一体的国家三级甲等医院。技术力量雄厚，拥有45个临床和医技科室，其中2个国家重点学科，6个国家重点专科，1个国家中医药管理局“十二五”临床重点专科，17个重庆市重点学科，14个重庆市临床重点专科一般项目和精品项目，12个重庆市医疗质量控制中心。
7、重庆医科大学附属口腔医院
该医院是集医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的三级甲等口腔专科医院。是国家药物临床试验机构、国家卫生计生委第一批国家级住院医师规范化培训基地。其口腔正畸科是“国家临床重点专科建设项目单位”，重庆市口腔医疗质量控制中心附设在医院。
8、重庆市人民医院
该医院是重庆市首批三级甲等综合性医院，是重庆市首家涉外医院、重庆市干部保健医院、重庆市厅局级领导干部定点体检单位，常年承担国内外领导人、大型会议和赛事的医疗保健工作。技术力量雄厚，形成了以心血管内外科、耳鼻咽喉头颈外科、骨科、神经内外科、老年病科、医学检验科为主的具有重要影响力的学科群。
9、重庆市中医院
该医院是重庆市规模最大、实力最强，集医疗、教学、科研、公益四项中心职能于一体的大型三级甲等中医龙头医院，是国家卫生健康委员会指定的国际紧急救援中心网络医院。医院荣登“中国医院竞争力中医医院100强”排行榜第15位，位居西部前列。
10、重庆市公共卫生医疗救治中心
该公共卫生医疗救治中心集医、教、研、防为一体，是国家药物临床试验机构、国家感染性疾病临床医学研究中心分中心、是重庆市唯一的国家三级甲等传染病专科医院。承担传染病相关科研任务，搭建重庆市及西南地区传染病学科协作网络。
