北京三甲医院有北京协和医院、中国人民解放军总医院、北京大学第一医院等多家，其中北京协和医院是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地，在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一，在复旦版榜上连续十二年名列榜首；中国人民解放军总医院拥有21个临床医学部、8个国家重点学科，在2021年度复旦版榜上排第三名；北京大学第一医院拥有国家临床医学研究中心1个，国家卫健委临床重点专科项目19个。
第一名：北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是临床医学研究和技术创新的国家级核心基地，以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十二年名列榜首。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中，排名第一。
第二名：中国人民解放军总医院
301医院（中国人民解放军总医院）是集医疗、保健、教学、科研、预防、康复、核生化防护、医学救援于一体，向建设世界一流军队医院迈进的大型现代化综合性医院。医院拥有21个临床医学部、8个国家重点学科，3个军队“双重”学科，5个国家临床医学研究中心，以肾脏疾病国家重点实验室为代表的7个国家级重点实验平台，46个省部级及全军重点实验室，61个全军医学研究所和专科中心。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第三。
第三名：北京大学第一医院
北京大学第一医院是一所融医疗、教学、科研、预防、公共卫生为一体的大型综合性三级甲等医院，是中央保健基地医院。医院学科齐全，综合诊疗水平高，拥有国家临床医学研究中心1个，国家卫健委临床重点专科项目19个，国家级重点学科牵头单位和参与单位共12个，是国家药物临床试验机构、国家医疗器械临床试验机构和第一批北京市研究型病房示范建设项目单位。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第12。
第四名：北京大学第三医院
北京大学第三医院是集医疗、教学、科研、预防保健、康复与健康管理为一体的综合性三甲医院，近十余年来，医院医疗服务量和效率居于北京市前列。其中脊柱外科是国内最强的学科，生殖医学中心的治疗方法最全面、规模是国际最大之一，运动医学研究所是新中国最早成立、国内唯一的中国奥委会指定运动员伤病防治中心。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第14。
第五名：北京大学人民医院
北京大学人民医院现已成为集医疗、教学、科研、保健为一体的现代化综合性三级甲等医院，综合实力处于国家第一方阵，拥有血液、胸外及创伤三大院士团队，作为国家创伤医学中心、国家系统血液疾病临床医学研究中心和首批国家疑难病症诊治能力提升工程项目组长单位，成为国家医学进步的重要引擎。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第21。
第六名：中国医学科学院肿瘤医院
中国医学科学院肿瘤医院是国家肿瘤临床医学研究中心、国家肿瘤规范化诊治质控中心，是集医、教、研、防于一体，全方位开展肿瘤相关基础研究和临床诊治的国家标志性肿瘤专科医院。医院高层次人才荟萃、学科设置齐全、技术力量雄厚、仪器设备先进，对多种肿瘤的多学科规范化综合治疗位居国内前列，部分达到国际先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第25。
第七名：北京天坛医院
北京天坛医院是一所以神经外科为先导，以神经科学集群为特色，集医、教、研、防为一体的三级甲等综合医院，是亚洲神经外科临床、科研、教学基地。医院是国家神经系统疾病临床医学研究中心、国家神经系统疾病医疗质量控制中心等，拥有国家重点学科3个，国家临床重点专科3个，其中神经外科学、神经病学2017、2018年获得中国医院科技量值排名双第一。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第26。
第八名：中国医学科学院阜外医院
中国医学科学院阜外医院是国家级三级甲等心血管病专科医院，也是国家心血管病中心、心血管疾病国家重点实验室、国家心血管疾病临床医学研究中心所在地，以诊治各种复杂、疑难和重症心血管疾病而享誉国内外，已成为世界上最大的心血管疾病诊治中心和集医疗、科研、预防和人才培养于一体的国家级医学研究与教育中心。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第30。
第九名：首都医科大学附属北京同仁医院
首都医科大学附属北京同仁医院是一所以眼科学、耳鼻咽喉科学为国家重点学科的大型综合三甲医院，目前已成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。其中，眼科、耳鼻咽喉科为国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为国家临床重点专科，中医眼科学为国家级中医重点学科。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第36。
第十名：首都医科大学宣武医院
首都医科大学宣武医院是以神经科学和老年医学为重点的三级甲等综合医院，是我国神经科学初创基地和人才培育的摇篮之一。医院神经内科是国家级重点学科，神经外科及北京脑血管病中心是国家级重点学科，同时神经介入、神经病理、神经康复等学科齐头并进，凝聚成为综合实力居国内领先地位、令海内外瞩目的神经科学集群。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第37。