中日友好医院擅长呼吸内科、神经外科、急诊科、康复医学科、内分泌科。学科技术力量雄厚、医疗设备齐全、医疗特色突出，救治提供可靠基础和保障。
1、呼吸内科
是国家重点学科(内科学呼吸系病)、国家临床重点专科，科室在呼吸衰竭与内科危重症、呼吸支持技术，慢阻肺等领域处于国内领先地位，在国际上也具有较大影响力。
2、神经外科
为国内最早开展显微神经外科手术的专科之一，目前为国家卫健委特色医学学科、首都特色临床科室。科室以功能神经外科为专长、微侵袭神经外科为主要发展方向的特色，在颅底外科、颅神经及周围神经外科、痉挛外科、神经调控和围手术期电生理监测等方面具有优势。
3、急诊科
为国家临床重点专科建设项目，是中华医学会急诊医学分会候任主任委员单位。科室拥有先进设备体外膜肺氧合(ECMO)为国内最先进的可以进行航空转运的设备，具有ECMO支持下的心肺复苏、多脏器功能衰竭等众多诊疗特色。
4、康复医学科
连续4年评为医院优势学科，拥有国内外先进的康复医疗设备共计160余套，包括全自动机器人步态训练与评估系统、智能化上下肢康复机器人等，能够为患者提供专业的检测及治疗。
5、内分泌科
是该院的重点学科，是国家临床重点专科。科室以诊断糖尿病和甲状腺疾病为特色，同时能够诊断和治疗多种内分泌疑难和重症疾病。