北京通州区三甲医院有首都医科大学附属北京胸科医院、北京中医药大学东直门医院东区、北京市通州区妇幼保健院。首都医科大学附属北京胸科医院是中国疾控中心结核病防治临床中心，在复旦版榜中排名第100；北京中医药大学东直门医院东区是首批国家大型综合性三级甲等中医医院，也是国家示范中医医院；北京市通州区妇幼保健院拥有齐全的医疗设备，其产科分娩量、儿科门急诊量在全市名列前茅。
第一名：首都医科大学附属北京胸科医院
首都医科大学附属北京胸科医院为集医疗、科研、教学、预防为一体的三级甲等专科医院，是中国疾控中心结核病防治临床中心。医院设备先进、设施完善、技术力量雄厚、专家团队人才济济，设有肿瘤科、结核科、胸外科等科室，其中结核病学科连续三年荣登“中国医院科技量值排行榜”榜首。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第100。
第二名：北京中医药大学东直门医院东区
北京中医药大学东直门医院东区是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”，是首批国家大型综合性三级甲等中医医院和国家示范中医医院、首批国家中医临床研究基地和国家药物临床试验机构、世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地和国家级中医学实验教学示范中心。医院以其鲜明特色和独特优势为全国各地患者提供优质服务。
第三名：北京市通州区妇幼保健院
北京市通州区妇幼保健院是一所集保健、医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等妇幼保健机构，承担着辖区妇女儿童基本医疗和公共卫生职能任务。设立有妇科、产科、儿科、生殖保健科等科室，拥有核磁共振、螺旋CT等大型医疗设备。产科分娩量、儿科门急诊量在全市名列前茅。
