北京协和医院擅长神经内科、妇产科、风湿免疫科、变态反应科、普通外科，这5个科室也是国家临床重点专科，患者可根据自身的具体情况选择合适的科室就诊。
1、神经内科
连续6年在复旦大学专科声誉排行榜上名列神经内科专科声誉第一名。在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位 ，同时也是国内最早的神经病学专业博士、硕士学位授予点及博士后工作站之一。现拥有11个专业组，为广大患者提供高水平的医疗服务。
2、妇产科
该科室获复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》第一名，是全国妇产科疑难重症诊治中心。下设产科、妇科肿瘤等专业组，其中产科建立了我国第一个产前诊断实验室，研究并发展出一整套胎儿取材方法；妇科肿瘤牵头组织了多个全国多中心临床研究。
3、风湿免疫科
由“中国风湿病学之父”张乃峥教授创建，为全国公认的“疑难危重风湿病诊治中心”。在复旦大学医院管理研究所公布的“中国最佳医院排名榜”风湿专科中连续 10 年蝉联榜首，《中国医院科技影响力排行榜》连续 7 年专科第一名。
4、变态反应科
科室是中国临床变态反应学的发源地和摇篮，在国内最早研制过敏原并将特异性免疫治疗应用于临床，并牵头完成了全国气传致敏花粉调查。在过敏反应性疾病的诊断、治疗及基础研究方面居国内领先水平，在国际也有一定影响。
5、普通外科
科室为院内核心科室，现已成为普外领域全国疑难重症疾病的诊治中心，拥有结构合理、素质优秀的人材梯队，多名专家在中华医学会和国内外杂志担任各种领导职务。
北京协和医院学科技术力量雄厚，除上述科室外，还擅长病理科、传染感染科、耳鼻喉科、放射科、呼吸科、骨科、麻醉科、泌尿外科、内分泌科、皮肤科、消化内科、肾脏病科、血液科、眼科、整形外科、肿瘤内科、老年医学科、检验医学科、核医学科、超声科、急诊科、重症医学科、药剂科。各学科建立了良好的疑难病的诊治和会诊机制，为病人提供了优质、高水平的医疗服务。