广州市三甲医院包括中山大学附属第一医院、南方医科大学南方医院、中山大学附属肿瘤医院等。中山大学附属第一医院入选了广东省首批高水平医院建设单位，蝉联2018年、2019年复旦版中国医院排行榜全国第6。南方医科大学南方医院是国家区域中医（风湿病科）诊疗中心，有15个专科进入中国最佳专科排行榜（复旦版）前十或得到提名。中山大学附属肿瘤医院在全国尤其是广东省的肿瘤防治工作中发挥着举足轻重的作用，在复旦版榜中排名第27。
第一名：中山大学附属第一医院
中山大学附属第一医院现已发展为一家位于国内一流前列的现代化三级甲等综合性医院，综合实力雄厚，是全国首批委省共建综合类国家区域医疗中心，入选了广东省首批高水平医院建设单位。学科优势突出，拥有5个国家重点学科、30个国家临床重点专科（全国第4），蝉联2018年、2019年复旦版中国医院排行榜全国第6。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第9。
第二名：南方医科大学南方医院
南方医科大学南方医院是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，是全国百佳医院。医院综合排名在国内权威排行榜中稳定在15名左右，有15个专科进入中国最佳专科排行榜（复旦版）前十或得到提名，是国家（创伤）区域医疗中心、广东省高水平医院“登峰计划”首批重点建设单位和国家区域中医（风湿病科）诊疗中心。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第18。
第三名：中山大学附属肿瘤医院
中山大学附属肿瘤医院已经发展成为全国规模最大、学术力量最雄厚的集医疗、教学、科研、预防于一体的肿瘤学医、教、研基地之一，学科地位、综合实力已居全国领先水平，在全国尤其是广东省的肿瘤防治工作中发挥着举足轻重的作用，其医疗业务量均居全国肿瘤专科医院前列。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第27。
第四名：广州医科大学附属第一医院
广州医科大学附属第一医院是一所大型三级甲等医院，承担着省市乃至国家突发公共卫生事件及紧急医疗救援任务，深受广大群众信赖，享誉海内外。在《2020年中国最佳医院排行榜》中，医院排名全国第28位，呼吸专科连续12年专科排名第一。连续荣获全国文明单位、全国卫生系统先进集体等国家级荣誉5项。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第31。
第五名：广东省人民医院
广东省人民医院已成为集医、教、研于一体的大型现代化三级甲等综合型医院，在国内外享有盛誉。2019年国家三级公立医院绩效考核获评最高等级A++，位列全国第10；2020年在国家公立医院绩效考核总分891.8分，全国排名第15名，位列A+级别。获评2020年度医疗机构最佳雇主最受大学生欢迎医院。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第34。
第六名：中山大学附属第三医院
中山大学附属第三医院是国家卫健委直管的综合性三级甲等医院，近年来先后荣获国家爱婴医院、全国医院文化建设先进单位、全国卫生系统先进集体等一系列荣誉称号，获批准为广东省高水平医院第二批重点建设医院。医院学科门类齐全，专科特色明显，其中肝脏病学科是医院的龙头学科，在重型肝炎救治、肝癌早期诊断等急难重症中的诊治水平全国领先。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第45。
第七名：中山大学孙逸仙纪念医院
中山大学孙逸仙纪念医院是我国第一家西医医院，是中国西医学和西医教育的发源地，并成为祖国西医学的人才摇篮，为中国医学事业作出了巨大的贡献。医院现已发展成为一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，各项医疗业务量持续增长，医疗工作效率稳步提升，2020年进入全球研究型医院百强，连续四年“自然指数”位居全国前10名。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第64。
第八名：中山大学中山眼科中心
中山大学中山眼科中心是国家卫生健康委属委管唯一的眼科专科医院，在中国眼科专科声誉排名第一（连续12年）、中国眼科科技影响力排名第一（连续8年），是唯一的眼科学国家重点实验室依托单位。同时医院是规模最大的公立眼科医院，是我国首家三甲眼科医院，能够为常见和疑难罕见眼病患者提供高质量的诊疗服务，服务量位居全国公立眼科医院前列。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第65。
第九名：广州市妇女儿童医疗中心
广州市妇女儿童医疗中心是中南地区规模最大的妇女儿童专科医院，在复旦大学医院排行榜中综合排名连续10年进入百强，其中儿外科及儿内科均荣登“华南地区医院专科声誉排行榜”榜首，成为国家儿童区域医疗中心（中南）。医院专科设置齐全，在儿童介入治疗、低龄低体重先心手术、儿童罕见病精准诊断与治疗等疑难危重症诊断治疗方面具有雄厚实力。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第69。
第十名：南方医科大学珠江医院
南方医科大学珠江医院是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性医院，是全国首批“三级甲等”医院、广东省高水平医院重点建设单位等，在全国三级公立医院绩效考核中获评A+等级。医院拥有国家级临床重点专科3个、省级临床重点专科23个、广东省高水平临床重点专科5个等，打造了国内一流的“珠江专科医疗联盟”远程协作与立体转运网络以及省域医疗大数据平台。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第87。