广州市妇女儿童医疗中心擅长小儿外科、小儿消化科、小儿呼吸科、新生儿外科、肿瘤妇科。科室诊治范围广泛，研发实力雄厚，患者可根据自身情况选择对应科室就诊。
1、小儿外科
是中国华南地区技术力量雄厚，诊治范围广泛，综合实力强劲的小儿外科专科。医师队伍人员配备合理，各种设备齐全，对小儿外科常见病、罕见病及疑难危重病的诊治上有相当丰富的经验和较高的水平。
2、小儿消化科
是集临床、教学、科研于一体的华南地区知名的小儿消化专科。除开展儿童消化系统常见疾病如腹泻病、急慢性胃炎等常见病诊治外，对儿童消化道危重疑难病如重症胰腺炎、消化道出血等疾病有较高的诊治水平。特色专科与国际发展趋势接轨，在国内属于领先水平。
3、小儿呼吸科
为卫生部国家临床重点专科，卫生部儿童呼吸内镜培训中心。对儿童肺部感染性疾病、喘息性疾病、出血性疾病、间质性肺病、免疫异常性肺部疾病以及先天性支气管-肺畸形等儿科呼吸道疾病的诊断和治疗方面有较深的造诣。
4、新生儿外科
是广州市高水平临床重点建设专科，拥有国内一流的专家团队，同时与外科部各专科、胎儿医学科合作，提供产前咨询-出生后畸形矫治-出院后康复的多学科诊疗模式。在膈疝、直肠肛门畸形、食管闭锁、肠闭锁、腹壁缺损、胆道闭锁等疾病的手术治疗水平已达国际领先水平。
5、肿瘤妇科
是集医疗、教学和科研为一体的特色科室，广东省高水平重点专科。本专科擅长妇科疑难病症的诊治，对盆腔巨大卵巢肿瘤、特殊部位子宫肌瘤以及盆腔后腹膜肿物均有丰富的经验。
