曲阜市中医院始建于1987年，现已发展成为一所占地49.4亩，业务用房4.5万余平方米，集医疗、预防、教学、科研、保健和康复为一体的综合性三级甲等中医医院。

医院以“三名”战略为总抓手，坚持走“名医、名科、名院”品牌建设之路。医院现有职工850余人，其中副高级以上专业技术人员90人，硕士88人，山东省中医药杰出贡献奖1人，全国基层名老中医药专家1人，山东省名中医药专家3人，济宁市名中医药专家6人，济宁市杏林名医3人，曲阜市名(中)医16人，燕京刘氏伤寒流派传承弟子4人，龙砂医学流派传承弟子6人，中国工程院院士国医大师石学敏传承弟子4人，全国名中医丁书文传承弟子1人。医院现有临床、医技科室42个，设立中医综合治疗室16个，国家、省市级重点中医专科14个，其中针灸康复科为国家中医药管理局批准的“农村医疗机构针灸康复特色专科”，骨伤科、肿瘤科、儿科为山东省重点中医专科，骨伤科、肿瘤科、肛肠科、康复科、重症医学科、中医护理、脑病科、神经外科、肝胆脾胃病科、妇(产)科、内分泌科、老年病科等科室为市级重点专科，肺病科、骨伤科、心病科、脑病科、肝胆脾胃病科、肿瘤科、儿科、妇科、肛肠科9个科室入选齐鲁中医药优势专科集群建设单位。

医院配备美国GE公司超高端宝石能谱CT、1.5T静音核磁共振、血管造影机、美国瓦里安直线加速器、意大利GMM和德国西门子数字胃肠机、肿瘤综合治疗设备、飞利浦高端彩超、腹腔镜、宫腔镜、椎间孔镜、关节镜、神经外科眼科手术显微镜、体内体外碎石机等大型医疗设备200余台(套)，拥有高标准层流净化ICU、手术室，全力推进“胸痛、卒中、创伤”三大中心建设，急救能力达到同级综合医院水平。坚持以高精尖设备为依托，立足医学前沿，推动技术创新，骨伤科、脊柱骨科、关节骨科、肿瘤科、妇科、普外科、神经外科、耳鼻喉科微创、介入治疗技术在医院广泛开展，多项技术及设备填补曲阜市空白，医院整体实力居全市中医医院前列。

2013年，医院成功创建三级甲等中医医院，2018年、2022年顺利通过三甲复审，综合服务能力进一步提升，为国家级农村中医药知识与技能培训示范基地、山东省中医住院医师规范化培训基地、山东省社区中医全科医师临床实践基地、山东省“西学中”培训基地、济宁医学院和山东中医药高等专科学校非隶属附属医院、山东中医药大学教学医院；先后建有国家中医药管理局龙砂医学流派传承工作室曲阜推广工作站、燕京刘氏伤寒流派传承工作室、石学敏国医大师传承工作室、肖承悰国医大师传承工作室、中医肺病学泰山学者张伟教授工作室、北京中医药大学石应轩教授工作室、全国名中医丁书文工作室、山东省名中医药专家薛一涛工作室、齐鲁杜氏皮肤湿热流派杜锡贤教授工作室等一批名医工作室。先后荣获“全国爱婴医院”、“山东省文明单位”、“山东省优质服务百佳医院”、“山东省中医药文化建设示范单位”、“济宁市中医工作先进集体”、“济宁市示范中医医院”等荣誉称号。