福建医科大学附属第一医院中医科是福建省综合性医院中最早成立的具有中西医结合特色的科室，曾先后获得国家中医药管理局重点专科、福建省重点专科---中西医结合心血管科、福建省临床重点专科、全国综合医院中医药工作示范单位等多项殊荣；获批国家2023年中西医协同“旗舰”科室建设项目。

参加国家中医药管理局“十一五”“十二五”重点专科“眩晕（高血压）”等优势病种诊疗方案的制定工作。拥有国家2级中医细胞分子生物学实验室，中医心血管、脑血管药物临床试验专业。中医特色诊疗设备有中药熏蒸机、智能通络治疗仪、温热电灸综合治疗仪、中医四诊及体质辨识分析仪、中医定向透药治疗仪、红外线照射仪、全自动煎药机等。开展中药熏蒸、热熨、温热电灸、火龙罐（灸）、平衡火罐等特色外治法。发挥中医药特色、辨病与辨证相结合，开展心脑血管病为主攻方向的临床及科研工作，高血压、冠心病、心衰等疾病的诊疗成就突出。

中医科设有普通门诊、专家门诊、专病专科门诊、针灸门诊、中医治未病门诊/中医护理门诊，下设心血管、脑血管、皮肤病、康复、针灸等专业组；煎药室一个。科室开放病床45张，其中教授、主任医师3人，副主任医师3人，主治医师9人，其中博士2人，硕士10人。