福建医科大学附属协和医院肛肠科是国内建立较早的肛肠专科。建科以来，本着发扬传统医学特色和优势，积极吸收现代医学新技术，中西合璧，全面发展的思路，逐渐形成一支经验丰富人员梯队结构合理的临床、科研队伍。现有临床医生5名：主任医师1名，副主任医师2名，主治医师1名。拥有多功能肛肠病诊疗系统、高频电刀等先进设备。

我科目前开展的特色手术治疗有消痔灵注射治疗、肛裂侧切术、肛门狭窄扩肛术、环状混合痔分段结扎术、高位复杂性肛瘘低切高挂旷置引流术、便秘等。尤其在治疗严重肛门直肠周围脓肿、高位复杂性肛门直肠瘘和复发性肛门直肠瘘、环状痔、嵌顿性痔、严重肛门直肠狭窄、排便障碍(便秘)、急重肛肠病术后并发症等肛肠科疑难急重症方面疗效优异，具有很大的优势。