福建医科大学附属协和医院儿内科是福建省最早的儿科学硕、博士研究生培养基地，也是国家级儿科医师规范化培养基地。自协和医院建院以来成立，迄今已成为福建省儿科临床、科研和教学中心、福建省临床重点专科。
其中儿童医学心理学专业为福建省儿科唯一的领先医疗特色专业，儿童神经专业系国家药物临床试验基地，是世界健康基金会中国癫痫儿童关爱项目福建唯一合作点，是中国脊肌萎缩症诊治中心联盟、十省市儿童癫痫联盟、中南六省线粒体病联盟、全国儿科罕见病协作网福建省牵头单位，系福建省卫健委指定的罕见病收治医院之一。
现开设有儿童神经、发育行为、心理、呼吸、内分泌、保健、风湿免疫与变态反应、危重症、遗传代谢、临床药理学、医学遗传咨询、康复等专业，多个专业综合实力达国内先进水平或省内领先水平。作为高水平的医疗区域中心，福建医科大学附属协和医院综合实力强，如综合ICU儿科ICU亚专业的成立、肝移植中心针对儿童遗传代谢病、罕见病的治疗，心脏病研究中心儿童心脏病亚专科的迅猛发展，大大提升了儿科疑难重症疾病的就治能力。
近年来，科室医务人员承担国家及省级多项科研课题，发表相关论文百余篇，主编和参与编写教材、书籍10余部，主办国家级及省级继续教育项目和全国专业会议20余次，有10余项成果获省、厅级科技成果奖。多名专家担任国家级及省级杂志编委，全国以及省级专业学术学会中先后担任重要职务，如中华医学会儿科分会神经、临床药理、发育行为、血液病、保健、罕见病学组学组成员、中华医学会儿科分会内分泌及遗传代谢学组青年委员。
中国优生优育理事、中国心理卫生协会理事、中国儿童康复协会委员、中国医师协会儿童神经专委会委员、中国医师协会医学遗传医师分会委员、中国抗癫痫协会理事、中国心理卫生协会青少年心理卫生专业委员会、心理评估专业委员会委员，中华医学会福建省儿科分会副主任委员，儿童神经及发育行为学组组长、儿童血液病学组组长、儿童保健学组组长、儿童内分泌学组副组长。
中国医师协会儿科专委会副主任委员、中国康复医学会理事、福建省康复医学会儿童康复专委会副主任委员、福建省医学会风湿病分会儿童风湿免疫学组副组长、福建省海峡医药卫生交流协会儿科分会副会长等。在推动儿童身心健康、早期发展，提高人口素质方面做出了突出贡献。
科室拥有儿童多台多导睡眠监测仪、视频脑电图监测仪、脑功能监护仪及全面的儿童神经心理评估工具，包括各种小儿常用的智力、性格、情绪、气质、行为测验及新生儿神经行为评估体系。近年来，综合福建医科大学附属协和医院多学科的优势，不仅在儿童急重症神经疾病，如脑炎、脑病、急性偏瘫、遗传代谢病、风湿免疫病抢救成功率高，而且通过多学科诊疗、远程会诊系统，建立先进、科学的儿童疑难疾病及罕见病评估体系。
还开展了“儿童遗传遗传咨询”、“儿童罕见病的综合诊治和与随访管理”、“抗癫痫药物治疗监测及用药基因检测”、“孤独症儿童医学评估与干预”等，大大提高儿童遗传代谢病、罕见病、癫痫、孤独症谱系障碍等诊疗水平。我们建立了“多动症儿童父母培训”、“抽动症儿童系统化行为治疗”、“脑损伤儿童早期识别、评估与家庭干预”、“儿童发育迟缓、孤独症儿童医教结合”。
引进“肝移植诊疗遗传代谢病、基因修正治疗脊肌萎缩症；生酮饮食、迷走神经神经刺激术、深部脑电刺激术治疗药物难治性癫痫、儿童癫痫微创治疗”新技术，大大改善上述疾病儿童的预后和生活质量，受到社会及家长的好评。
儿童呼吸、变态反应专科也是科室特色专业，其中以儿童哮喘及慢性咳嗽为特色专科，开展儿童呼吸系统支气管纤维镜、肺功能、呼出气NO、过敏原等检查及脱敏疗法，建立儿童呼吸系统危重症、疑难病综合管理体系、儿童哮喘标准化门诊，加入中华医学会儿科呼吸学组主办的“中国儿童哮喘行动计划”，持续开展“哮喘之家”、“慢性咳嗽”健康教育讲座。推进数字化网络管理优化呼吸系统慢病管理体系。
建立特色化的雾化指导室，加强家庭雾化以及哮喘吸入装置使用技术指导等，规范雾化使用方法，提高药物使用正确率及依从性，大大提高了喘息性疾病治疗效果及哮喘儿童的生活质量，得到家长的参与及好评。儿童内分泌、遗传代谢病专科开展对儿童生长迟缓、性发育异常、糖脂代谢异常、甲状腺疾病、肾上腺疾病、骨骼发育障碍等内分泌遗传代谢性疾病的多学科诊治和长期综合管理。
儿童发育行为、保健及新生儿专业开展了儿童预见性发育行为指导、高危儿管理工作。对高危新生儿开展新生儿神经行为评估、GMS评估和新生儿脑功能监护。开展对儿童的生长发育偏离及发育行为疾病的营养干预治疗。引入神经心理评估、开展了学习能力提高训练、早期智力开发、多动症儿童父母培训及抽动障碍儿童系统化行为干预等，通过多种形式将促进儿童发展实用而具体的操作知识传递给父母，促进儿童综合发展。
风湿免疫、肾脏、消化亚专业，通过福建医科大学附属协和医院多协科协作开展儿童肾穿刺活检术、胃肠镜、肝移植、新型生物制剂治疗等技术，对各种儿童风湿免疫性疾病、免疫性肾脏疾病、慢性肠病、代谢性肝病的进行系统评估、精准化的免疫治疗及长期规范化治疗管理，大大提高系统性红斑狼疮、幼年特发性关节炎、狼疮性肾病、紫癜性肾病、炎症性肠病、代谢性肝病等治疗缓解率。
科室开展儿童各类型心律失常、急性心肌炎、心肌致密化不全，原发性心肌病、先天性心脏病的诊治和长期综合管理工作。福建医科大学附属协和医院婴幼儿心脏中心先心微创手术在国内处于领先水平，每年完成复杂先心手术近千例，儿内科与婴幼儿心脏中心深度合作，承当危重先天性心脏病的急诊救治工作，复杂先天性心脏病的多学科协作诊疗，以及先天性心脏病的术前及术后的精细管理。