福建医科大学附属协和医院心外科创建于1987年，是福建省集医疗、教学和科研为一体的心脏中心，首批国家临床重点专科，省重点学科，全省第一个外科学博士点所在地。2016年，由省政府和卫计委考核和批准，协和医院心外科和心内科强强联手，成立“福建省心脏医学中心”。
心外科拥有福建省冠心病研究所和福建省胸心外科研究所。科室由4个病区，2个ICU（成人和小儿），6间层流手术间构成。现有病区床位161张，包括心衰专用病床及小儿心脏外科病床；ICU床位35张，包括心脏移植及小儿专用病床。医护人员共237名，其中医生55名，所有副高以上医师均有留学国外的经历。专科年手术量近3000台，连续10余年手术量居全省第一，全国十五强，是省内唯一心脏手术量突破千台的单位。
心外科在心脏领域不断开拓，发展迅猛，具有突出的专业特色。近几年还大力开展新技术、新项目。目前在新生儿、婴幼儿复杂先心病，大血管手术，微创杂交手术，重症冠心病、瓣膜病，心脏移植等方面，均处于省内领先，国内先进水平，尤其主动脉夹层的外科治疗处在国际首创和国际领先水平。心脏移植是心外科的一大特色。截至目前已完成6例心肺联合移植，400多例同种异体原位心脏移植，手术总量和术后长期存活率在国内均名列前茅。
心脏移植的临床研究始于1995年，二十年来不断探索，在心肌保护、手术技巧、免疫诱导、术后抗排斥反应、远期随访等方面取得巨大的进展，共创造了15个“全国第一”：心脏移植长期存活（≥10年）例数最多、移植受体病种最多、全国首例儿童心脏移植手术、全国最高龄心脏移植手术、全国首例心肾联合移植手术、全国首例终末期马凡氏综合征心脏移植手术、亚洲首例人工心脏置入术后心脏移植手术、亚洲首例心脏移植术后肝移植术等。
其中1995年第一例心脏移植病人存活16年后成功实施二次心脏移植并存活至今，成为全国心脏移植术后存活时间（25年）最长的换心人。先心微创手术在国内处于领先水平，截至目前共完成超声引导下经胸行房缺、室缺、动脉导管微创封堵术约1830例。
心外科于2008年在省内率先开展该项技术，目前已经常规化，并取得满意的临床效果。该研究成果获得福建省科技成果二等奖，福建省医学科技一等奖，同时还发表了14篇SCI论文，其中有7项手术技术在国际上属于首次报道。
心外科为多名患者成功实施“经皮房间隔缺损封堵术”，即在心脏超声引导下，无需X射线，由股静脉穿刺入路进行房缺封堵。在国内首次提出“超声引导下经皮房缺封堵→超声引导下经胸房缺封堵→胸腔镜辅助体外循环下房缺修补”的“一站式治疗”的理念。据悉，该治疗模式为全国首创，是微创先心外科领域的重大突破。
心外科是全省最大的婴幼儿心脏中心，每年完成复杂先心手术近千例。常规开展Switch手术、主动脉弓离断合并心内畸形Ⅰ期矫治术、矫正型大动脉转位的半心室矫治术、全腔静脉肺动脉连接术等复杂先心手术。
近几年还逐步开展改良的Nikaidoh(即双根部调转)手术、半-Mastard+大动脉矫治手术、合并室间隔完整的PA（肺动脉闭锁）行二期根治手术、肺动脉单源化手术、完全性心内膜垫缺损合并法洛氏四联症纠治手术、法洛氏四联症合并主动脉弓离断手术、球囊扩张室间隔完整的肺动脉闭锁、杂交手术治疗复杂先心等。目前婴幼儿复杂畸形手术比例、成功率、手术治疗效果稳步提高，稳居全省第一，国内先进水平行列。
心外科在大血管疾病的外科治疗方面发展迅速，除了常规开展主动脉弓部替换术、象鼻手术、常温非体外循环全胸腹主动脉置换术、动脉瘤杂交手术等高难度手术之外，陈良万教授还自主研发了三分支血管支架用来治疗I型急性主动脉夹层，开创夹层动脉瘤手术的新纪元。
截至目前，心外科共完成三分支支架手术700多例，而且手术效果良好，术后随访结果满意。该项技术拥有“动脉腔内支架”“替代人体升主动脉根部的带瓣管道”“外科术中应用的分支人造血管支架”等6项专利，其中“单分支血管支架在主动脉夹层手术中的应用”还获得2013年度医疗技术管理创新奖。目前该研究已在circulation，TheAnnalsofThoracicSurgery和TheJournalofThoracicandCardiovascularSurgery等国际权威杂志上发表了近二十篇高质量的SCI论文，这也标志着心外科在主动脉夹层的外科治疗方面处在国际首创和国际领先水平。
心外科对重症瓣膜病的治疗经过多年临床研究和探索，在处理肺动脉高压、恶病质、肥厚性心肌病、顽固性心律失常等方面经验丰富，大大降低手术死亡率，居全国领先水平。心瓣膜手术年手术量约800例左右，中、重度病人（如巨大左室、低EF、合并肝肾功能受损、恶液质等病人）约占40%，总死亡率1.15%。
冠心病的治疗方面，每年完成单纯冠状动脉旁路移植术、冠脉旁路移植加瓣膜成形或置换术、室间隔穿孔修补术、二次冠脉搭桥手术、室壁瘤切除术约170例。其中重症病人占44%，死亡率在3%以下。
心外科坚持医疗科研并重的发展方向，近年来共获专利11项，承担国家自然基金5项、国家支撑计划子课题6项、省厅级科研课题24项；发表SCI学术论文80多篇；获中华医学科技奖1项，省级科技奖5项；两位教授分别获中国医师协会优秀医师奖和杰出贡献医师奖。
心外科与美国新泽西心脏医院、德国柏林心脏中心等多家国际学术研究机构建立了紧密的合作交流关系；并多次举办国家和省级继续教育学习班，各类学术会议。为全省的心脏外科理论技术水平的提高做出了巨大的贡献。
经过几代人的不懈努力，心外科专科综合实力显著提高，连续多年进入“华东区医院专科声誉排行榜”第4位，“中国医院专科声誉和综合排行榜”提名；在中国医学科学院公布的“2017年中国医院科技影响力排行榜”中，心血管外科学位于全国第16名。学科带头人陈良万教授入选“中国名医百强榜”。
新的时期科室面临着前所未有的发展机遇。心外科将秉承“严谨、求精、勤奋、奉献”的“协和”精神，以病人为中心，开拓进取，大胆创新，团结奋斗，努力朝着一流队伍、一流管理、一流服务的目标迈进。