北京京都儿童医院中医科设有特色专病门诊、普通门诊，由中医专家团队和外治团队组成。中医专家团队充分发挥中医特色及中西医结合优势，以辨证论治原则，开展中药内服调理体质；外治团队开展小儿推拿、穴位贴敷、耳穴压丸、中药熏洗、中药膏摩、针灸、刮痧等中医特色外治疗法，使儿童身体达到阴阳调和而康复。
近年来，中医科在李奇主任带领下，融合传统中医与现代诊疗技术，优势互补，强调未病先防调理体质，突出内服外治综合诊疗。科室开展中医优势病种的内服外治特色诊疗项目，更有鼻炎熏洗包、流感漱口水及多种特色定制中药辅助进行病后缓调、调理孩子体质，减少发病。
中医特色专病门诊
鼾症专病：腺样体肥大、扁桃体肥大、鼻炎、鼻窦炎等；
过敏专病：过敏性鼻炎、支气管哮喘、过敏性结膜炎、过敏性紫癜、过敏性皮疹、荨麻疹等；
咳喘专病：急慢性咳嗽、咽炎、扁桃体炎、支气管炎、肺炎喘嗽、感冒及反复呼吸道感染；
脾胃专病：吮拇指癖、咬指甲癖、厌食、便秘、腹胀腹痛、呕吐、急慢性腹泻、积滞、脱肛、胃肠功能紊乱等；
泌尿专病：遗尿、尿频、水肿、血尿、蛋白尿、肾炎、肾病等；
神经专病：多动症、抽动症、孤独症、学习障碍、儿童擦腿综合征、癫痫等；
传染专病：流行性感冒、疱疹性咽峡炎、手足口病、腮腺炎、猩红热、麻疹、水痘、传染性单核细胞增多症、幼儿急疹；
促生长：矮小、消瘦、肥胖、夜啼、多汗、睡眠障碍、心律失常、心肌损害、心肌炎、生长痛、生长发育迟缓等；
中医特色保健防治：反复易感调理、过敏体质调理、假性近视防治。