消化内科：南昌大学第一附属医院消化科是江西省首个获批国家临床重点专科的临床医学学科。经过半个多世纪的发展和几代人的奋力拼搏，现已成为江西省首个集卫生部“国家临床重点专科”、教育部“211重点建设学科”、江西省“高校重点学科”、“医学领先学科”、“重点实验室”、“高水平工程技术中心”、“江西省消化疾病诊疗中心”、“江西省消化内镜诊疗中心”及“江西省消化疾病临床研究中心”及国家临床研究中心分中心于一体的医学临床医学优势学科，现已具备现代化的学科格局，由消化专科门诊、消化专科病房、消化内镜中心和消化研究所组成，医疗、教学、科研并重，基础与临床研究并举，成为江西省消化疾病诊疗中心和质量控制中心，进入我国医学消化专业领域的领先行列。

消化专科门诊：除常规消化病特需、专家及普通门诊外，还特别开设了胰腺疾病及胰腺病出院随访门诊、胰腺占位病变门诊、幽门螺杆菌感染门诊、内镜随访门诊、炎症性肠病门诊、肝硬化、脂肪肝、自身免疫性肝病、胃食管反流病、便秘、内痔内镜诊疗的特色门诊，一批全国知名的消化病专家常年出诊，2023年门诊量超32万人次，居全省之首。

消化专科病房：由东湖院区病房和象湖院区病房组成，共计441张床位。东湖院区由胰腺病区、消化（胰腺）ICU、胆道病区、肝病区、上消化道疾病和下消化道疾病6个病区组成，病床267张，象湖院区由胃肠病区、胆胰病区、肝病病区和综合特需病房4个病区组成，合计174张床位。治疗特色有：重症胰腺炎的综合救治、胰胆疾病的内镜治疗、肝硬化门脉高压出血的治疗、幽门螺杆菌感染规范化诊治、炎症性肠病的规范化诊治、不明原因消化道出血、腹水的诊治、消化道早癌的诊治以及消化道肿瘤的内镜及放射介入治疗、消化危重症患者的个体化生命支持、全程康复治疗及精准营养治疗等，是江西省消化系统疑难、危重疾病的诊疗中心。2023年出院患者2万1千余人次。

消化内镜中心：面积约5000m2，拥有一流的人性化设计和服务流程。设有胃肠镜诊疗室、ERCP诊疗室、超声内镜室、共聚焦内镜室、小肠镜室、双镜联合手术室、动力检查室、胶囊内镜室、麻醉苏醒室、内镜清洗室和多功能会议室等；配备有高端的电子系列内镜、大型C臂、数字胃肠机、共聚焦显微内镜、细胞放大内镜、色素放大内镜、超声内镜、胶囊内镜等国际一流的设备。开展消化道早癌的内镜系列诊治、食管胃静脉曲张的内镜介入系列治疗（硬化剂注射、组织胶注射、套扎、超声内镜引导下弹簧圈注射治疗）、消化道狭窄的系列治疗（切开、扩张及支架置入术）、ERCP术、EUS引导下穿刺及囊肿引流术、ERCP联合EUS诊治胆胰腺疾病、EMR术、ESD术、POEM手术、NOTES胰腺坏死清创术、经脐胃镜腹腔探查及活检术、TIPS手术、TACE术以及消化道出血的内镜及血管介入治疗等。建立了中重度胆管炎ERCP胆道引流、消化道出血内镜及血管介入、消化道急性梗阻内镜下支架置入、消化道异物内镜下取出等急诊绿色通道。消化内镜诊疗病例逐年攀升，近3年年均诊疗量超12万例，2023年超15万例，其中无痛胃肠镜超12万例，年ERCP量超2000例。

先后承担了国家“十二五”重大新药创制专项、国家“863”计划、国家科技支撑计划、国家“973”前期项目以及国家自然科学基金等近40项，省级项目近100项。发表论文470余篇，其中SCI300余篇，单篇最高影响因子32.62分（NatureMedicine）。获教育部科技进步二等奖1项，省科技进步一等奖4项，二等奖5项，三等奖6项，省自然科学二等奖3项，省自然科学三等奖3项，全国高校教师教学创新大赛二等奖，第五届全国高校混合式教学设计创新大赛二等奖，省教学成果一等奖及省研究生教学成果一等奖各一项，获国家专利20余项。消化学科先后被授予全国青年文明号、全省医德医风示范科室、全国工人先锋号、全国三八红旗集体、省卫生厅先进集体、医院先进集体和先进党支部等荣誉称号。并涌现出卫生部“有突出贡献的中青年专家”、“全国巾帼建功模范院长”、“全国百名优秀医生”、“全国‘卫生系统’先进个人”、“全国三八红旗手”、“我最喜爱的健康卫士”及“全国青年岗位能手”等。