药学部下设药剂科、临床药学科和药物临床试验机构三个科室，其中药剂科含有药库、门诊西药房、急诊药房、住院中心药房、中药房、感染药房、合理用药审方中心、手术室药房、百东院区药房９个部门，现有专业技术人员７７人，其中主任药师３人，副主任药师９人，在读博士１人，全日制硕士２１人，是一个高职称、高学历、年轻的，创新能力突出的团队。各部门特色：门诊西药房、住院中心药房、麻醉药房拥有自动发药系统，自动送药机器人等先进设备，可实现门诊药房“预配候取”的发药模式，做到“药等患者，而不是患者等药”，大大降低患者候药时间；住院中心药房自动包药机、口服药智能核对系统可实现对住院长期口服药物的自动识别并包装核对，确保患者的用药安全；百东药房拥有全自动运链系统，病区药品可由药房运链系统直接运送至各病区；审方中心是将处方审核关口前移，为患者安全用药新添一道坚实防护门；药品采购方面，严格执行国家相关药品采购制度，按照“临床必要，质量优先，价格合理”的原则，严格执行国家药品集中带量采购政策，认真落实国家谈判药品采购，降低药品价格，惠及广大患者。我院药物临床试验机构（ＧＣＰ）已经通过网上备案的专业有骨科专业（器械方向）；临床药学科现有感染、呼吸内科、心血管内科、肿瘤、抗凝药物、内分泌、小儿用药、通科（ＣＯＰＤ），八个专业临床药师，负责临床药物治疗、会诊、医院合理用药监管、临床药学教学和科研等工作；作为国家药品不良反应监测哨点单位，多年来药品不良反应监测工作均被自治区和百色市评选为药品不良反应监测先进单位；每季度组织百色市抗菌药物临床药师学术沙龙，进一步推动百色市临床药学学科发展。近年来药学部承担各类科研课题十余项，其中省部级项目１项，市厅级项目１１项，发表学术论文二十余篇，其中ＳＣＩ论文２篇；中文核心６篇，获得各级奖励多项，其中百色市科技进步奖二等奖２项、百色市科技进步奖三等奖１项、百色市科技创新奖一等奖１项。