中山大学附属第一医院儿科分为儿科一专科、儿科二专科。
儿科一专科：
由儿童肾脏、风湿免疫和呼吸专业组成，是广东省重点学科、广东省“十二五”医学重点学科、广东省临床重点专科。所属专业疾病的诊治达国内先进水平，并与国际接轨。小儿肾病中心在华南地区肾脏病专业属领先地位，是国内率先开展肾穿刺检查术的单位之一。参与全国“儿童常见肾脏疾病诊治循证指南”的制定和更新，并负责制定和更新了“激素敏感、复发/依赖肾病综合征诊治循证指南”。在全国和省内多个医学会/协会担任主委、副主委和常委等，担任多个医学杂志的编委。
儿科二专科：
由儿童血液肿瘤和风湿性疾病、内分泌和遗传代谢病两个专业团队组成
新生儿专科：本专科是广东省各大综合医院中开设最早、收治病人数最多的新生儿专科之一，病房设施和医疗技术达国内先进水平，并于1983年首招硕士研究生。是《实用新生儿学》第1、2、3、4版的主编单位之一，参与“中国新生儿营养支持指南”的制定。目前是大儿科建制管理下的独立的三级专业学科，现有固定编制医师10人，护士33人。医师中正高1人，副高6人，中级2人，初级1人；具有博士学位者4人，硕士学位3人，硕士生导师7名。
临床工作：

新生儿专科是广东省临床重点专科，在极超低出生体重儿/危重新生儿监护抢救、宫内外换血治疗重症黄疸及败血症、早产儿视网膜病变和慢性肺病防治、新生儿营养支持疗法、高危儿体格智力发育随访及神经运动行为评估等方面均达国内外先进水平。

科室根据自身业务及地域的特点确立本专科的重点发展方向：即不断提高早产儿存活率和生存质量，与产科及其他多学科合作对一些出生缺陷进行围产期综合管理和诊治，如：对产前诊断的RH血型不合溶血病、先天畸形、唇裂、消化道畸形、膈疝、巨大脐膨出、先天性心脏病、淋巴管瘤等等疾患进行手术前后综合处理，提高救治成功率。对先天性膈疝的病人已率先进行宫外产时处理-EXIT术。

科学研究：
新生儿缺氧缺血性脑损伤的防治、早产儿营养代谢及生长发育研究、新生儿院内感染目标监测及防治、无追赶生长小于胎龄儿生长方式及其生长激素抵抗机制的研究
人才培养：
已培养硕士研究生毕业30名，在读4人，并参与科室十几位博士生的培养，同时接受新生儿专科进修医师、儿科住院医师培训基地的医师轮转培训。