上海市儿童医院皮肤科是国内较早成立的小儿皮肤专科之一，设有儿童皮肤科门诊和性病门诊，拥有“上海市儿童医院血管瘤诊治中心”。北京西路、泸定路两个院区分别安排皮肤专科门诊、专家门诊和皮肤科特需门诊。为了方便病人就诊，特设立“血管瘤专科”、“祛斑疤痕专科”、“过敏专科”、“白斑专科”、“毛发指甲专科”、“痤疮专科”、“门诊手术专科”和“腋臭专科门诊”等优势病种的诊疗。在治疗儿童湿疹、特应性皮炎、血管瘤、急慢性荨麻疹、脱发、白癜风、银屑病、痤疮、遗传性皮肤病、各种胎记（如咖啡斑、太田痣等）、各种皮肤肿物（各种痣、皮肤肿瘤等）、外阴疾病（外阴炎、外阴白斑、阴道炎等）、指趾甲疾病和各种病毒疣（传染性软疣、寻常疣、扁平疣等）和性病等方面积累了丰富的临床经验，并形成了自己的专科特色。如对血管瘤的诊治应用激光、外用药、口服药和手术等，取得良好疗效、树立特色优势。对特应性皮炎、湿疹等过敏性疾病的诊治中西医协同，引入了生物制剂治疗，多管齐下、临床疗效显著。皮肤科设备完善，拥有国际领先的脉冲激光祛红治疗仪、脉冲激光祛黑治疗仪、点阵祛疤痕激光治疗仪、308准分子紫外线治疗仪、皮肤镜检查、LED光谱治疗仪治疗痤疮、CO2激光治疗仪、伍德灯和皮肤生理测试仪等设备。检查手段多样，包括多种过敏原检测、真菌检查、分泌物培养和皮肤手术病理等成熟的技术。我院皮肤科目前已开展互联网医院就诊平台，为患者提供互联网医院专家门诊、复诊配药（药品快递到家）、在线问诊等一站式诊疗服务，提高就诊便捷度。皮肤科作为全国为数不多的儿童专科医院GCP(药物临床试验质量管理规范)基地之一，科室医师和护师全部通过GCP培训，参加药物临床试验多项。皮肤科也是上海市首家儿童专科化妆品不良反应监测哨点。皮肤科制定儿童血管瘤激光治疗、过敏性疾病中药外治、腋臭注射治疗等诊疗规范，并进行有效的质量控制。