南方医科大学深圳医院儿科设有儿科病区、儿科门诊、儿科急诊，同时承担南方医科大学教学和科研任务。设有儿科普通门诊、脱敏门诊(特异性免疫治疗中心)、儿童保健门诊、儿童生长发育门诊、儿童心理行为门诊、儿童血液病门诊、儿童呼吸门诊、儿童癫痫门诊等特色专病门诊。儿科病区总床位46张，有宝安区“地贫之家”诊疗中心，开展纤维支气管镜技术。科室现有主任医师6人，副主任医师3人，主治医师10人，住院医师2人，主管技师1人；副主任护师2人，主管护师13人，初级护师6人。

目前我科开展诊治各种普儿常见病、疑难疾病，包括小儿血液系统疾病(如白血病、淋巴瘤、地中海贫血、血友病等)及遗传代谢性疾病；呼吸系统疾病(如支气管哮喘、慢性咳嗽、反复呼吸道感染等)以及变应性疾病(如食物过敏、过敏性鼻炎、特应性皮炎等)；消化系统疾病(如食物不耐受、慢性腹泻、营养不良、感染性腹泻等)；神经系统疾病(如癫痫、偏头痛、脑炎、小儿抽动症、多动症等)；内分泌系统疾病(如矮小症、性早熟、肥胖等)；儿童保健(如儿童健康体检、营养喂养指导、生长发育异常、儿童常见心理疾病、学习困难、神经系统发育评估、康复治疗)。