中山大学附属第三医院呼吸与危重症医学科是广东省较早的呼吸病学硕士学位授予点及博士学位授予点，是中山大学附属医院中最早的呼吸疾病博士学位授予点。1985年首次在我国从环境中分离到嗜肺军团杆菌，八十年代末开始系统进行了耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的流行病学、耐药情况调查和耐药机制的研究。
九十年代在国内率先进行铜绿假单胞菌肺部感染快速诊断，细菌生物被膜病治疗和内毒素研究，参加全国病原微生物耐药性监测和国家食品药品监督管理局指派的抗菌药物临床实验。2006年通过由国家食品药品监督管理局组织的评审，批准为国家临床药理基地，2007年批准为卫生部住院医师专科培训基地，具备培养呼吸内科专科医师资格。
卫生部首批单病种试点单位、中国哮喘联盟中国医师培训项目基地。先后获得广东省高教联合科技进步三等奖、中山医科大学科技进步三等奖、广东省卫生厅科技进步二等奖、广东省科委科技进步三等奖等。2017年获得广东省慢阻肺康复工程技术研究中心立项，2013年被评为广东省临床重点专科。
学科方向与优势特色如下：
（1）呼吸系统感染性疾病为主要研究方向，针对呼吸与危重症医学科在广东省较好的病原学研究基础，呼吸系统感染性疾病研究正在不断加强；
（2）呼吸与危重症监护病房是广东省医疗硬件设施及技术力量最完善的监护单位之一，拥有丰富的病源及重症治疗监护手段，为呼吸重症研究奠定了条件，呼吸与危重症医学科已在MRSA致病基因等方面进行了系统地研究，今后将继续重视和深入研究呼吸重症感染性疾病、多器官功能障碍和衰竭的发病机制，逐步完善其治疗方法的研究。
（3）慢阻肺的临床研究与社区防治工作的推广，慢性气道疾病的健康教育，互联网+模式的慢阻肺工程中心平台运用与患者随访管理等研究。
（4）哮喘、肺癌的基础与临床研究，在哮喘的诊疗及肺癌化疗耐药等方面开展研究。
（5）参与全国戒烟、控烟工作，并在戒烟方面发表相关研究成果，未来继续以解决临床关键技术问题为切入点的科学研究，建立并完善相关的标准技术体系。
（6）以高层教育、继续教育为中心，为基层输送合格的呼吸及重症医学人才。以呼吸医学博士培养点为契机，结合以往的硕士研究生教育，完善研究生教育、进修生教育及其它继续教育。
呼吸与危重症医学科注重对外交流，先后与日本长崎大学医学部、琉球大学医学部、东北大学医学部、美国约翰霍普金斯大学建立了友好协作关系，进行学术交流和人才培养，已有十余人次前往留学和访问，共同研究呼吸道疾病的诊治，较快掌握学科学术发展动态及先进知识，形成了呼吸与危重症医学科的特色和优势。