检查心脏临床用得最多的是心超或冠状动脉CTA检查。磁共振检查也可以用于心脏检查，可以了解心脏大小、心瓣膜情况，以及是否存在反流或关闭不全。磁共振检查也可根据心肌灌注情况，判断心肌是否有缺血或者心肌梗死程度和范围。但是对于心肌缺血的判断，不如ECT或者PET-CT心脏灌注。 虽然磁共振可以用于心脏检查，但是目前由于磁共振检查时间非常长，同时心脏搏动会影响检查准确性，临床上相对使用不多。但磁共振可以做心脏冠脉成像，不需要打对比剂，碘过敏患者需要检查心脏冠脉时，磁共振是一种不错的选择。

磁共振检查需要用射频线圈，膝关节往往有专用的膝关节线圈，只能单侧检查，所以真正需要用到膝关节专用线圈做核磁共振检查时，只能一侧一侧进行，双侧检查需要分开两次进行。 如必须两侧同时检查时，也可以选择非膝关节专用线圈，如腹部线圈，但是其分辨率、清晰度不如膝关节专用线圈高。对于细微结构，比如半月板、副韧带或交叉韧带，显示效果不佳。 所以一般情况下，建议膝关节一侧一侧进行检查，两侧同时检查效果相对较差。

CT利用X光，有辐射。而核磁共振是原子核在磁场中磁力发生共振而产生的图像，是磁场，不是X线，所以没有辐射，一般不会对人体产生任何危害。 但是磁共振的磁场强度非常高，对于早孕，尤其怀孕3个月以内的孕妇，尽量不要做磁共振检查，因为场强很强，可能会对胎儿造成一定影响，影响并不是辐射造成，而是磁场造成。正常人做磁共振没有任何问题，但是磁共振检查也有一定禁忌症，比如患有幽闭综合征、重症佩戴呼吸器、心脏起搏器患者等。 最近几年新研发心脏起搏器可以做磁共振兼容，需要临床心内科医生将其调到磁共振状态，才可以进行磁共振检查。