通常牙周脓肿需要一周左右才能痊愈，并且恢复时间与个人机体免疫有关系。如果自身免疫力比较强，可能自愈会比较快。部分患者年纪大或者体质虚弱，可能两周左右才能自愈。此外，若进行局部消炎、局部用药，愈合周期会缩短，同时也可以更好的减轻疼痛，对后期治疗有比较好的基础。牙周脓肿急性处理若辅助治疗的手段，可加快愈合的过程。例如消炎药物的应用、激光处理、光动力处理，可以使愈合周期缩短，同时让患者疼痛得到减轻。

当牙齿发生急性牙髓炎疾病时，证明牙齿牙髓已经有变性、坏死，不可以通过药物或者保守治疗方法让病变牙髓恢复正常。并且由于剧烈疼痛，使牙齿坚硬的组织里面坏死、变性、压力增加。此时需要进行处理，通过根管治疗将坏死变性的牙髓清理干净。根管治疗通常在牙齿上面开口，把牙根里的牙髓清理干净，填充牙科材料，填充紧密后，在牙齿上面补上补牙材料，最后再进行牙冠修复保护牙齿。牙冠修复可避免根管治疗完成后，由于牙裂所导致的拔牙后果。

在临床上牙周脓肿引流后复发较为常见。因为切开引流或者脓肿自愈破溃后都是急性的表现，通过自然愈合只能达到急性消炎，但是牙周慢性炎症没有进行系统治疗，依然存在炎症，所以还会反复发作。慢性牙周炎必须经过长时间序列的治疗，把炎症达到稳定状态才可以避免反复牙周脓肿。反复牙周脓肿会导致牙周支持组织丧失，最后可能导致牙齿松动脱落，造成不必要的损失。