膀胱结石一旦发现，需要进行手术治疗，通常建议使用内镜下治疗，即临床上常用的膀胱镜，型号为21F2，指膀胱镜周径21mm左右。术前采用半身或全身麻醉。女性尿道相对较直、较短，膀胱镜可以顺利进入到膀胱。男性尿道相对迂曲较长，存在三个明确的生理弯曲，进入膀胱相对困难。进入膀胱后采用冲击波、钬激光或气压弹道碎石，将结石尽可能的粉末化。同时应用取石网篮将结石取出，负压吸引避免日后复发。术后常规口服或静脉应用抗生素，预防感染。

12cm的膀胱结石体积相对较大，不可自主排出体外。通常建议采用手术切开治疗取石。即膀胱切开取石治疗，能够将结石完整取出，结石直径达到12cm者多合并神经源性膀胱，指膀胱感觉以及膀胱逼尿肌神经病变，一般状况下不会出现尿痛以及下尿路不适等相关症状。此类患者通常进行间歇导尿治疗或长期留置导尿管，不会出现典型排尿中断的现象。

肾结石在5mm以下者，通常建议动态观察。肾结石>5mm者强调外科干预，包括口服药物排石、体外冲击波碎石以及手术治疗。结石直径>2cm者，建议选择手术治疗。其它形式的结石选择体外冲击波碎石或手术治疗。如草酸钙结石外冲击波碎石效果较差，建议选择手术治疗。外科干预指征包括顽固肾绞痛、反复尿路感染、肾积脓、持续尿路梗阻、代谢活跃性结石，除以上指征外，体外碎石、药物排石无效的情况下，均需行手术治疗。