重庆市妇幼保健院儿科设有儿一科、儿二科、儿三科3个科室：
儿一科
儿一科（新生儿救治中心）创建于1985年，为国家级新生儿保健特色专科，国家级新生儿专科医师规范化培训协同基地，重庆市危重新生儿救治中心。开放床位126张，其中NICU床位30张。
设有早产儿病区（分为胎龄<28周超早产儿、胎龄<32周极早产儿和中晚期早产儿病房）、重症监护病区（包括新生儿外科重症监护病房）、普通病区和家庭病房。年收治病人5千余人次。全面开展疑难、危重新生儿及早产儿救治。近几年通过中德医学交流合作项目，新生儿救治水平全面提升。
新生儿科、产科为核心的围产医学中心多学科紧密合作独具特色，新生儿科医师管理窗口前移至产前、产时，在国内领先实施小早产儿产房过渡期管理技术，极大地提高了小早产儿存活率和生存质量。
目前医院超早产儿（胎龄<28周/出生体重<1000克）救治存活率达85%，极早产儿（胎龄<32周/出生体重<1500克）救治存活率超过95%，救治成功最小胎龄早产儿为24周，最低出生体重为490克，居国内一流水平。
严重影响超/极早产儿生存质量的严重并发症发生率（颅内出血、支气管肺发育不良、早产儿视网膜病变、医院感染等）显著低于全国70家三级NICU平均水平。广泛开展国际国内交流合作与科学研究，近3年有9人次在欧洲/德国学术会议上发言。连续四年举办国家级继续医学教育项目---“长江-莱茵河新生儿围产期医学论坛”国际学术会议。
近5年科研项目立项20项，其中省部级13项，厅局级4项，院级项目3项，获重庆市医学会医学科技奖三等奖1项，获国家发明专利1项，执笔专家共识1篇，发表科研论文SCI6篇，CSCD核心13篇。
技术专长
在国内率先开展与国际接轨的早产儿过渡期稳定及复苏技术、院内安全转运技术，建立国内领先的产房NICU及移动NICU。
在重庆地区率先开展了NICU内的新生儿血液滤过透析、血浆置换和持续肾脏替代治疗技术，新生儿纤维支气管镜检查技术，新生儿科医师实施的床旁重症超声检查技术和超声引导下的中心静脉置管术，发育支持性护理及系统化的高危儿随访管理，不断提升危重新生儿及超、极早产儿的救治成功率和远期生存质量。
儿二科
儿内科创建于1944年，现开放43张床位，门诊业务面积600余平方，年门诊量约20万人次，常年开设普儿科、儿童夜间急诊和特色专科门诊如哮喘/过敏、内分泌、消化/营养、小儿中医等；
诊疗范围覆盖儿童常见病如呼吸道感染、腹泻、胃肠炎、消化不良及常见发热性疾病，对于儿童专科疾病如哮喘、慢性咳嗽、过敏性疾病、荨麻疹、湿疹、生长发育迟缓、新生儿病理性黄疸、新生儿肺炎、性早熟、青春期发育变异、生长激素缺乏症、矮小症、儿童肥胖症、自身免疫性甲状腺疾病等，也具有相当的诊治经验。
目前开展脱敏治疗、肺功能系列监测、FeNO检查、过敏原测试、智能雾化、生长激素/性激素激发试验、中医外治等诊疗活动，各项医疗技术水平位居重庆前列，为“重庆市儿童常见病防治重点专科”、儿童哮喘标准化门诊区域示范中心、儿童哮喘规范化管理适宜技术推广牵头单位，重庆市贫困地区儿科医务工作者的培训基地、重庆医科大学及医药高等专科学校实习基地。
成功申报科研课题15项，发表论文19篇，其中SCI6篇。2020年获得重庆市医学会医学科技奖1次。目前已成功举办《儿童哮喘与肺功能呼吸论坛》共5届、《儿童变态反应性疾病防治论坛》1届，其中国家级继教1次。
技术专长
哮喘/过敏专科：为中华医学会儿科分会“儿童哮喘标准化门诊区域示范中心”，作为儿童哮喘规范化管理适宜技术推广牵头单位，率先在重庆地区进行儿童哮喘规范化全程管理及开展脱敏治疗，目前已建哮喘专案5300余例，儿童哮喘控制率93.25%，居全国前列。
内分泌专科：开展性早熟、矮身材、生长激素缺乏症、青春期发育变异、儿童肥胖症、先天性甲状腺功能减退症、自身免疫性甲状腺疾病的诊疗及相关科研工作。
消化/营养专科：针对儿童常见消化道及营养性疾病，开展功能性胃肠道疾病、食物过敏、慢性腹泻、便血等的诊疗，对宫内外生长发育迟缓及早产的儿童进行营养状况评价及喂养指导。
小儿中医专科：擅长运用中药内服配合中药洗浴、贴敷疗法、耳穴压豆等中医药特色疗法治疗儿科各类常见病，尤其是呼吸、消化及皮肤疾病。
儿三科
儿三科(儿外科)配置床位43张，业务范围囊括儿童普外肛肠、新生儿外科、泌尿外科、骨科等，具备救治新生儿急危重症等各类复杂疾病的能力。科室负责人郭春宝主任医师，新生儿外科、小儿外科领域著名专家、教授。科室与国内知名专家建成新生儿-小儿外科一体化MDT联合专家会诊模式，针对出生缺陷及新生儿、儿童时期的疾病开展诊治工作。
技术专长
目前开展的诊疗业务主要包括：
1.新生儿危重疾病诊断治疗：新生儿小肠结肠炎(NEC)、胎粪性腹膜炎、腹裂脐膨出、食道闭锁、肠闭锁、胃穿孔、肥厚性幽门梗阻、肠旋转不良、环状胰腺、肛门闭锁等；
2.儿童普外肛肠如浅表包块、排便障碍、腹股沟疝、肠梗阻、阑尾炎等；
3.泌尿外科如包茎、尿道下裂、鞘膜积液、隐睾、隐匿性阴茎、肾积水等；
4.骨科如常见四肢骨折、关节脱位、手外伤、发育性髋关节发育不良（DDH）、多指/趾畸形、先天性肌性斜颈、颈椎半脱位、扳机指、腱鞘囊肿、腘窝囊肿等；其他如儿童肿瘤、创伤、烧烫伤、阴囊急症等。
本治疗中心配备先进的膀胱镜、腹腔镜、胸腔镜等检查治疗设备，拥有国际领先的德国Storze3D腹腔镜一体化手术室2间和腔镜培训中心。70%以上手术都能使用腹腔镜施行微创治疗，疗效显著。