上海交通大学医学院仁济医院消化学科是以上海市消化疾病研究所（1984年由江绍基院士和萧树东教授共同创建）的临床和基础部分为主体组成。系国家重点学科牵头单位（1989年起至今）、国家临床重点专科）、国家临床重点专科（卫生部重点实验室）、国家211工程重点学科、上海市重点学科）、卫生部消化内科重点实验室）、上海市消化内科临床医学中心和上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床质量控制中心。同时还是中华医学会消化病学分会官方网站《中华消化网》的承担单位。消化科现有病床112张（今年下半年将扩充至170张）、内镜中心占地3400平方米、实验室面积1200平方米。学科中江绍基院士是我国消化病学界的中国工程院院士，曾任三届中华医学会消化病学分会副主任委员兼《中华消化杂志》总编辑；萧树东教授目前担任上海市消化疾病研究所名誉所长和前任亚太消化病学会主席、曾任中华医学会消化病分会主任委员和《中华消化杂志》总编辑。学科中拥有正高级职称员工15人、副高者近20名；博士生导师12人（现职7人）、硕士生导师17人。现有医生56名。2013年消化科门诊量35万人次/年、内镜量超过7万人次/年。

学科近两年承担国家级科研项目每年15项左右（国家自然科学基金项目每年均超过10项。每年以通讯作者单位发表SCI论文超过40篇，其中超过10分的论文8篇，5分以上者近30篇。获国家科技进步奖二等奖2项、三等奖1项，第2完成单位获国家科技进步二等奖1项；获中华医学科技一等奖1项。学科成员中不乏国家级人材培养计划入选者，如长江学者特聘教授、国家杰出青年、卫生部有突出贡献的中青年专家、享受国务院特殊津贴专家、教育部“新世纪百千万人才工程国家级人选”、教育部“新世纪优秀人才”、上海市东方学者、上海市曙光学者、上海市启明星等。同时众多教授在全国和上海市学会中担任要职。学科曾成功地主办了六届国际消化病学术大会，每次到会演讲外国专家50-100人。还与美国NIH、密歇根大学、约翰霍普金斯大学、荷兰阿姆斯特丹医学科学院等具有长期的友好合作关系。学科主办两本学术刊物：SCI期刊JDigDis目前影响因子1.59，中文核心期刊《胃肠病学》在国内享有盛誉。