徐州市中医院肛肠科创建于1956年，目前已成为首批国家中医优势专科、江苏省重点学科、江苏省临床重点专科、江苏省中医示范专科、淮海经济区中医肛肠专科诊疗联盟组长单位、江苏省中医肛肠质控中心副主任单位、长三角肛肠质控联盟委员单位、徐州市优势学科、徐州市肛肠病诊疗中心、徐州市肛肠病质量控制中心。
科室设立令狐庆江苏省名老中医药专家传承工作室，全国中医肛肠学科先进名医工作室——令狐庆名医工作室。学科拥有江苏省领军人才1人，江苏省名中医1人，江苏省优秀中青年中医临床人才2人，徐州市名中医1人，徐州市中医院名中医4人，江苏省名中医令狐庆学术继承人2人，南京中医药大学硕士生导师2人，安徽中医药大学硕士生导师4人。
肛肠科下设四个病区，开放床位170张，年门诊人次3万余人次，年出院患者6000余人次。科室配套齐全，现有肛肠科专用手术室六间、临床研究室、临床实验室、便秘生物反馈治疗室、肛门直肠压力测定室、肛肠科结肠镜检查室、肛肠腔内超声室、造影室、熏洗坐浴室、肛部中药特色换药室等。
自建科以来，肛肠科坚持传统中医特色，注重中西医结合，善于吸收运用现代诊疗技术，在以环状混合痔、高位多病灶肛周脓肿、高位复杂性肛瘘、肛裂、便秘、炎症性肠病、直肠肿瘤等病种为代表的诸多领域都具有较高的水平，在淮海经济区享誉盛名，承担多项国家、省、市级课题研究及教材编写，并将取得的科技成果应用于临床，肛肠科共研发了“痔疮类”、“便秘类”、“肠炎类”、“外用药类”等四大系列肛肠病的纯中药制剂20余种，如熏洗I号、灭虫止痒洗剂、止脱洗剂、炎痛宁痔疮栓、槐角丸、滋阴润肠饮、和通汤、润肠膏、润肠通便I号膏方、结肠炎I号、生肌散、青蛤散、三黄油纱条等纯中药制剂。
徐州市中医院肛肠科是苏北地区乃至淮海经济区集信息资料采集、医疗、科研、教学及硬件设备为一体，具有中医、中西医结合特点的肛肠病防治中心。