从肛肠科的角度而言，肛门疼痛最常见的原因是两个疾病，即肛周脓肿、肛裂，具体如下：
1、肛周脓肿：肛周脓肿是肛门周围组织的一种感染性疾病，其病灶来源是肛门括约肌中的腺体。这个腺体感染以后，在内外括约肌之间形成感染灶，感染灶炎症向周围扩散，就会进入直肠周围间隙，形成脓肿。只要肛周脓肿诊断明确，就应该手术治疗，无论是切开引流，或者是现在的一级肛瘘手术，手术是必须要做的治疗；
2、肛裂：肛裂的症状并不复杂，主要是肛门疼痛，但是肛门疼痛有细微差别。部分患者可能是间断性地发作，发作一周缓解，下个月再发作一次，反复地发作。部分患者就是长期持续疼痛，这个疼痛主要与排便有关，排便的时候肛门疼痛，便后缓解，1-2分钟以后紧接着再一次出现更加剧烈的疼痛，这叫周期性疼痛，是肛裂的典型表现。还有部分患者肛裂的疼痛就是排便的时候疼，便后就缓解，可能是因为肛裂比较表浅，还没有涉及括约肌。另外，可能是由于肛裂可能跟痔疮有关系，只要痔疮处理以后，肛裂可能就缓解；
3、盆底痛：除了以上典型的常见疾病以外，另一个非常复杂的就是盆底痛。盆底痛是以症状命名的疾病，医学上以症状命名的疾病通常病因不明确，其中某一个病因明确以后，可能就出现了新的疾病，剩下的病因引起的盆底痛还继续叫盆底痛。如果出现盆底痛，目前的治疗是以理疗为主。